הקשר שבין משכנו השמימי של ה' לבין המקדש הארצי עומד במרכז ההתבוננות הנבואית, ומהווה גשר בין רוממותו האינסופית של ה' לבין השגחתו על בני האדם. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שישנה הקבלה ישירה בין העולמות: כשם שהשכינה שורה בשמי השמים, כך היא שורה בבית המקדש מטה.
מבחינה מילולית, כִּסֵּא כָבוֹד מתאר את שמי מרום [מצודת דוד], ויש המפרשים כי המילה נכתבה בהשמטת האות כ' הדמיון, כלומר "כמו כסא כבוד" [מצודת ציון, רד"ק]. המילה מָרוֹם מציינת את השמים הרמים [מצודת ציון], או מתארת את ה' עצמו כרם ונישא [מלבי"ם]. הצירוף מֵרִאשׁוֹן מוסבר לרוב כביטוי לזמן קדום, מאז ומעולם, עוד בטרם נברא העולם [רש"י, מצודת דוד, מצודת ציון, שטיינזלץ]. בהתאם לכך, חז"ל מציינים שמקום המקדש נמנה עם הדברים שנבראו קודם בריאת העולם, והוא מכוון בדיוק כנגד כסא הכבוד השמימי [רש"י, רד"ק]. לעומת זאת, יש המפרשים את המילה מֵרִאשׁוֹן לא כתיאור זמן, אלא כתיאור של היררכיה רוחנית: ה' מרומם ונעלה מעל לנברא הראשון ולכל המערכות הרוחניות והמזלות, ולכן גם מְקוֹם מִקְדָּשֵׁנוּ פועל מעל לחוקי הטבע והמזל [מלבי"ם, אהבת יהונתן].
הפרשנים נחלקו בשאלת הקשרו של תיאור זה לפסוקים הקודמים והבאים, העוסקים בבוחן כליות ולב, בגורלם של הרשעים ובאלו העוזבים את ה'. גישה אחת מסבירה כי מטרת האזכור של המקדש היא להוכיח את השגחת ה'. אף שה' יושב בשמים העליונים, אין הדבר מונע ממנו להשגיח על השפלים ולחקור את ליבות בני האדם. עצם קיומו של המקדש בתוכנו מעיד על כך שה' קרוב, רואה הכל ובוחן כל לב [רד"ק]. ברוח דומה, התיאור נועד להדגיש את חשיבות הביטחון בה' לבדו; מי שעוזב את ה', המשגיח מתוך המקדש, ובוטח בעזרת בשר ודם – סופו לבושה [מלבי"ם, רש"י].
מנגד, פרשנים אחרים קושרים את הפסוק לסוגיית שכרם ועונשם של הרשעים. דעה אחת גורסת כי הפסוק ממשיך את תיאור עונשו של הרשע מהפסוק הקודם, ומלמד שסופו להיות מושלך ונדחה מכסא הכבוד בעולם הבא [רד"ק, צאינה וראינה]. גישה שונה לחלוטין מציעה כי הפסוק בא לענות על השאלה הקשה מדוע רשעים זוכים לעיתים להצלחה. לפי פירוש זה, כִּסֵּא כָבוֹד אינו מתייחס למבנה פיזי, אלא לעולם הרוחני של הנשמות. הנביא מדגיש כי השכר האמיתי אינו ניתן בעולם הזה, אלא במקום קדושתנו האמיתי – תחת כסא הכבוד השמימי. הרשעים, לעומת זאת, מקבלים את שכרם המדומה בעולם הזה בלבד, על מנת שיאבדו את חלקם הרוחני והנצחי [אברבנאל].