מתוך מצוקתו האישית העמוקה, נושא ירמיהו תפילה לישועה [ביאור שטיינזלץ]. בקשתו רְפָאֵנִי מתפרשת בכמה רבדים. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שמדובר בבקשת הצלה מ"מכה" ו"כאב" רוחניים או חברתיים. יש המפרשים כי הכאב הוא הביזוי, הקללות והבושה שהנביא סופג מאויביו [רד"ק, צאינה וראינה]. לעומת זאת, יש הרואים במכה זו את משא הנבואה עצמו, ומסבירים כי הנביא מבקש שה' ירפא אותו מנבואות הזעם והפורענות שהוא נאלץ לשאת, אשר ממלאות אותו בכאב אנוש [מלבי"ם].
הכפילות בפסוק, רְפָאֵנִי ולאחר מכן וְאֵרָפֵא, וכן הוֹשִׁיעֵנִי ולאחר מכן וְאִוָּשֵׁעָה, נועדה להדגיש את שלמות הפעולה האלוהית. כאשר ה' מרפא, האדם נרפא באמת, שכן אין כוח אחר בעולם המסוגל להושיע מלבדו [מצודת דוד]. יתרה מכך, הפרשנים מצביעים על הבחנה ברורה בין רפואת אנוש לרפואת שמים: בעוד שרפואה וישועה על ידי בשר ודם הן זמניות, מלוות בצער ולעיתים גוררות אחריהן שעבוד נוסף, רפואתו וישועתו של ה' הן נצחיות ומוחלטות. רעיון זה נרמז גם בדקדוק של המילה וְאֵרָפֵא שבה האות פ' רפה ואינה מודגשת, בניגוד לטיפול רפואי אנושי שכרוך לרוב בכאב [צוארי שלל].
רובד נוסף קושר בין הגוף לנפש. מאחר שהמחלה הגופנית נובעת פעמים רבות מפגם רוחני, המילה רְפָאֵנִי מתפרשת כבקשה לרפואת הנפש מן החטא, ובעקבותיה וְאֵרָפֵא היא רפואת הגוף. בדומה לכך, הוֹשִׁיעֵנִי היא בקשת הצלה מן המקטרג הרוחני שנוצר מהעוונות, ווְאִוָּשֵׁעָה היא ההצלה מן הייסורים הפיזיים עצמם [צוארי שלל, חומת אנך]. בראייה לאומית ורחבה יותר, הפסוק מציג את כנסת ישראל כרעיה הפונה אל ה' כבעלה. כשם שעל פי ההלכה הבעל מחויב בהוצאות הטהרה והכפרה של אשתו, כך מבקשים ישראל שה' ירפא ויטהר אותם מפגמי החטאים ומייסורי הגלות [צוארי שלל].
סיום הפסוק, כִּי תְהִלָּתִי אָתָּה, מבטא את ההכרה הבלעדית בה'. הנביא מצהיר כי הוא מתהלל ומתפאר אך ורק בה' כמושיעו, ואין לו גואל אחר [רש"י, מצודת דוד, רד"ק, חומת אנך]. קשר זה הוא הדדי, שכן כאשר ה' מושיע את האדם, הדבר הופך לתהילה לה' עצמו [צאינה וראינה]. מנגד, יש המוצאים במילים אלו השלמה עמוקה עם הייסורים עצמם: הייסורים הם "תהילתי", משום שהם ניתנים מאת ה' מתוך מידת הרחמים, המנקה את האדם מעוונותיו לאט ובהדרגה, כדרך שאוהב מייסר את אוהבו כדי להיטיב עמו [צוארי שלל].