תגובתו האלוהית להידרדרות הרוחנית של העם מהווה נקודת מפנה היסטורית, שבה ההבטחה לכיבוש הארץ נעצרת בעקבות הפרת האמון. תיאור זה אינו מתייחס לאירוע חדש או לכעס שהתעורר לאחר מות שופט מסוים, אלא מהווה סיכום והרחבה של חרון האף הכללי שהוזכר מוקדם יותר בפרק, כתגובה לעבודה הזרה של הדור החדש שלא ידע את ה' [אברבנאל, מלבי"ם].
הביטוי וַיִּחַר אַף מבטא כעס, והמילה יַעַן משמעותה בעבור או בגלל [מצודת ציון]. כעס זה נובע מכך שהעם עבר על הברית שנכרתה בסיני, ובפרט על האיסור לעבוד אלוהים אחרים, תוך התעלמות מאזהרותיו החוזרות ונשנות של יהושע [אברבנאל]. מנגד, יש הממקדים את הפרת הברית בסירובם להוריש את יושבי הארץ כפי שנצטוו [ביאור שטיינזלץ].
עיון מדוקדק בביטוי וְלֹא שָׁמְעוּ לְקוֹלִי חושף רובד נוסף של החטא. אין מדובר רק באי-קיום פקודה יבשה, אלא באטימות מוחלטת. העם סירב להקשיב לטענות ההגיוניות, להוכחות ולאזהרות הברורות שהוצגו בפניו בדבר האסון הצפוי לו בעקבות מעשיו [מלבי"ם].
כתוצאה מהפרת הברית, ה' מגיב במידה כנגד מידה. מאחר שישראל לא שמרו את חלקם בברית, כך ה' לא ישמור את הבטחותיו להשלים את כיבוש הארץ, וישאיר בתוכה את הגויים שיהושע לא הספיק להוריש בחייו [רלב"ג, אברבנאל].
השארת העמים הללו, שחלקם ישבו מחוץ לנחלות השבטים, לא נבעה ממחדל צבאי של יהושע, אלא מתוכנית אלוהית מכוונת שנועדה לנסות את ישראל [אלשיך]. מטרת הניסיון הייתה כפולה: ראשית, לבחון האם ישראל ידבקו בה' או שמא יגררו אחרי עבודה זרה, כאשר העמים שנותרו ישמשו כשליחי ההשגחה להענישם במקרה של חטא [אברבנאל]. שנית, הניסיון כוון במיוחד כלפי הדורות החדשים שלא חוו את הניסים הגלויים של מלחמות כנען. מטרתו הייתה ללמדם שניצחון במלחמה אינו תלוי בטבע או בכישרון צבאי, אלא בהשגחה אלוהית ובדבקות בה' [אלשיך].