מותם הפתאומי של נדב ואביהו הותיר את אהרון ובניו הנותרים במצב של אנינות ואבל. בתוך סערת הרגשות הזו, מתפתח משבר הלכתי חמור סביב אכילת קורבנות הציבור של אותו היום. משה מתעמת עם בני אהרון ודורש לדעת מדוע נשרפה החטאת במקום להיאכל, תוך שהוא מדגיש את התפקיד הקריטי של אכילת הכהנים במנגנון הרוחני של הכפרה.
הפרשנים מצביעים על קושי תחבירי והגיוני בשאלתו של משה: מַדּוּעַ לֹא אֲכַלְתֶּם אֶת הַחַטָּאת בִּמְקוֹם הַקֹּדֶשׁ. פשט המילים עלול להישמע כאילו משה כועס על כך שהם אכלו את הקורבן מחוץ למשכן, אך הרי בפועל הם כלל לא אכלו אותו אלא שרפו אותו. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהמילים בִּמְקוֹם הַקֹּדֶשׁ (שהוא חצר אוהל מועד [אבן עזרא, ביאור יש"ר]) אינן מתארות היכן הייתה צריכה להתבצע האכילה, אלא מתארות את מצבו של הקורבן. כלומר, משה טוען: כיוון שהחטאת נשארה במקום הקודש ולא נפסלה על ידי הוצאתה החוצה, מדוע לא אכלתם אותה? [רש"י, מזרחי, רלב"ג, מלבי"ם, רד"צ הופמן]. המילה מַדּוּעַ מוסברת כהרכבה של המילים "מה דעת", כלומר, מהו ההיגיון שעומד מאחורי המעשה שלכם [ביאור יש"ר].
מתוך שאלתו של משה, הפרשנים לומדים שהתנהל במקום משא ומתן הלכתי. משה שלל בזה אחר זה את כל הגורמים שהיו עשויים לפסול את הקורבן – הוא בירר שמא הדם הוכנס לפנים המקדש, שמא הבשר יצא מחוץ לקלעים, שמא הקורבן הוקרב על ידי כהן הדיוט באנינות, או שמא נטמא. משנענה בשלילה על כל אלה, תמה מדוע הקורבן נשרף [תורה תמימה, בכור שור, ברכת אשר]. הנימוק כִּי קֹדֶשׁ קָדָשִׁים הִוא מסביר את סיבת הבירור, שכן קודשי קודשים נפסלים מיד אם הם יוצאים ממחיצתם [רש"י, מלבי"ם, רד"צ הופמן].
משה ממשיך ומדגיש את מהות המצווה: וְאֹתָהּ נָתַן לָכֶם לָשֵׂאת אֶת עֲוֹן הָעֵדָה. אכילת החטאת אינה מתנה התלויה בתיאבונם של הכהנים, אלא חובה שהיא חלק בלתי נפרד מסדר הכפרה; לא הייתה להם שום רשות לשרוף אותה [ספורנו, ביאור שטיינזלץ, פרדס יוסף]. הפרשנים מסכימים כי הכלל הוא ש"הכהנים אוכלים ובעלים מתכפרים" [רש"י, רד"צ הופמן, פרדס יוסף]. על ידי האכילה, הכהנים מקדשים את החומר ובכך משלימים את כפרת העם [רלב"ג, רש"ר הירש]. פעולה זו גורמת לכך שה' נושא את עוון העדה, או שהכהנים עצמם נושאים באחריות לכפרה [אבן עזרא]. משה סבר שכיוון שמדובר במצוות עשה של רבים שנועדה לכפר על העדה, כוחה גדול מספיק כדי לדחות את איסור האנינות של הכהנים, ולכן היה עליהם לאכול את הקורבן למרות אבלם [שד"ל, העמק דבר].
באשר לזהות הקורבן שעליו התעורר הוויכוח, קיימת הסכמה כי מדובר ספציפית בשעיר של ראש חודש, ולא בחטאת של היום השמיני למילואים או בקורבנו של נחשון בן עמינדב [רש"י, רשב"ם, הטור הארוך, משכיל לדוד, חזקוני]. המסקנה נלמדת מהמילים לָשֵׂאת אֶת עֲוֹן הָעֵדָה, המעידות על קורבן שעיקר מטרתו היא כפרה על חטא מסוים – טומאת מקדש וקודשיו. זאת בניגוד לשאר קורבנות אותו היום, שלא באו בעיקרם לשם כפרת עוון, אלא כחובה לצורך חנוכת המשכן והשראת השכינה [רש"י, משכיל לדוד, חומת אנך].