דרישת התורה להבדיל את עם ישראל מן האומות אינה רק הנחיה מעשית, אלא מהות המגדירה את הקשר בין העם לבוראו. קדושה, ביסודה, משמעותה היבדלות ועמידה מעבר לגבולות הרגילים, והיא מבטאת קירבה מוחלטת לה' [שטיינזלץ, הופמן].
תחילת הדברים במילים וִהְיִיתֶם לִי קְדֹשִׁים מציגה את הקדושה כנכונות מוסרית מוחלטת לקיים את חוקי ה'. היכולת והחובה של האדם להיות קדוש נובעות ישירות מן המילים כִּי קָדוֹשׁ אֲנִי ה'; קדושתו של הבורא היא המקור המאפשר לאדם להתעלות ולהיות קדוש בעצמו, ומכוחה הוא מחויב ללכת בדרכי ה' [הירש, אבן עזרא]. הפרשנים מבחינים בין "קדושה" ל"הבדלה": בעוד שהבדלה יכולה לנבוע משכל אנושי נקי המתרחק מן הגסות, קדושה דורשת פרישה מדברים שאין בהם היגיון אנושי, רק משום שה' ציווה עליהם [העמק דבר].
ההיבדלות שעליה מדובר במילים וָאַבְדִּל אֶתְכֶם מִן הָעַמִּים מקיפה את כל אורחות החיים, החל ממאכל ומשתה ועד למלבושים ומנהגים. שמירה על גבולות אלו מונעת טמיעה, שכן אימוץ שמות, בגדים או מנהגים של אומות העולם נחשב לפריצת גדר חמורה [רבנו בחיי, פרדס יוסף]. המילה וָאַבְדִּל נכתבה בתורה בכתיב חסר, ללא האות יו"ד (ולא "ואבדיל"). חיסרון זה בא ללמד שני רעיונות: ראשית, שההבדלה הפיזית כבר הוזכרה קודם לכן, וכעת התורה מוסיפה את הצורך בהבדלה מחשבתית – עשיית המעשים לשם שמיים [העמק דבר]. שנית, האות החסרה רומזת לכך שה' עצמו כביכול מעיד: "איני נבדל מכם" [שפתי כהן].
הפרשנים מציגים משוואה ברורה לגבי תוצאות ההיבדלות: אם בני ישראל שומרים על ייחודם, הם זוכים להיות חלקו של ה' ומושגחים על ידו. אך אם הם מטשטשים את הגבולות, אפילו כחוט השערה, ואינם ניכרים כעם נפרד, הם מאבדים את הגנתם ונופלים לידי אומות העולם, המסומלות בדמותו של נבוכדנצר [רש"י, חתם סופר, מלבי"ם]. הבדלה זו מעוררת לא פעם קנאה ושנאה מצד האומות, ההולכות בחושך (המילה "עמים" נדרשת מלשון עמימות וכהות), בעוד ישראל זוכים לאורה של התורה [רבנו בחיי]. יתרה מזאת, עצם ההיבדלות והשראת השכינה בישראל מייתרות את הצורך בפנייה לכוחות טומאה כמו אוב וידעוני, שאליהם פונים הגויים מחוסר נביא והשגחה [קיצור בעל הטורים].
עם זאת, הגישה היהודית אינה רואה בהבדלה זו דחייה של שאר האנושות. הניסוח וָאַבְדִּל אֶתְכֶם מִן הָעַמִּים משול לאדם הברור את הטוב מתוך הפסולת. אילו היה כתוב "ואבדיל עמים מכם", משמעות הדבר הייתה הוצאת הפסולת מתוך הטוב וזריקתה ללא תקנה. בחירת ישראל היא רק הצעד הראשון בבנייה הרוחנית של האנושות כולה, המותירה תקווה לעתיד שבו עמים רבים יצטרפו אל ה' [הירש].
התכלית העליונה של כל המצוות והאיסורים מקופלת במילים לִהְיוֹת לִי. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים, בעקבות דברי רבי אלעזר בן עזריה, היא שהמניע לקיום המצוות ולפרישה מהאיסורים אינו צריך להיות סלידה טבעית או נימוס אנושי. אדם לא אמור לומר "מגעיל אותי לאכול בשר חזיר" או "איני רוצה ללבוש שעטנז". להפך, עליו לומר: "אני רוצה, ומה אעשה ואבי שבשמים גזר עלי". כלומר, ההימנעות מן החטא צריכה לנבוע אך ורק מקבלת עול מלכות שמיים ומתוך רצון לעשות את רצון ה'. כבישת היצר והבחירה החופשית להימנע מעבירה הופכות את עצם הפרישה למעשה אקטיבי של מצווה, ומעלתו של אדם הכובש את יצרו גדולה אף מזו של צדיק שאינו חש כל תאווה לדבר עבירה [רש"י, אור החיים, תורה תמימה, מלבי"ם].