חומרת עוונו של המקריב את בנו למולך מציבה אותו לא רק מול מערכת המשפט האנושית, אלא מול התערבות אלוהית ישירה. הפסוק פורס את מנגנון הענישה הכפול, ומדגיש כיצד חטאו של יחיד מהדהד ופוגע בקדושת האומה כולה ובנוכחות האלוהית בתוכה.
וַאֲנִי אֶתֵּן אֶת פָּנַי – רוב הפרשנים מסבירים ביטוי זה מלשון "פנאי". כלומר, ה' כביכול מתפנה מכל שאר עסקיו והנהגת העולם, ומרכז את כל תשומת לבו כדי לעסוק בהענשת חוטא זה [רש"י, מזרחי, תורה תמימה]. בעוד שבדרך כלל הפניית פני ה' מתוארת במקרא כפעולה של רצון והשגחה לטובה על הצדיקים, כאן מדובר בהפניית פנים של זעם ורוגז [בכור שור, גור אריה]. גישה נוספת רואה בכך הבטחה לענישה אלוהית במקרה שהחטא נעשה בסתר ובית הדין אינו יכול להעניש את החוטא, או כאשר הציבור מעלים עין ממעשיו [אבן עזרא, חזקוני]. עצם השימוש במילה "אני" ייחודי לעונש הכרת של עובד המולך, ומלמד ששמו הגדול של ה' הוא זה שמכרית את החוטא, תוך שילוב של מידת הדין עם מידת הרחמים הרמוזה במילה "פני" [רמב"ן, רבנו בחיי]. אם החוטא יחזור בתשובה, אותה הפניית פנים תהפוך למתן שכר, ועוונותיו ייחשבו לו כזכויות [קיצור בעל הטורים].
בָּאִישׁ הַהוּא – ההדגשה על האיש נועדה ללמד שהעונש חל אך ורק על החוטא עצמו ולא על הציבור כולו, שכן הציבור אינו נכרת בגלל חטא היחיד [רש"י]. בנוסף, המילה ממעטת אדם שפעל מתוך אונס, טעות או שגגה; העונש מכוון רק למי שביצע את החטא מתוך יישוב הדעת והכרה מלאה [תורה תמימה].
וְהִכְרַתִּי אֹתוֹ מִקֶּרֶב עַמּוֹ – מאחר שהפסוק הקודם כבר קבע שהחוטא יומת בסקילה על ידי העם, הפרשנים תמהים מדוע נדרש גם עונש כרת. הגישה המרכזית היא שעונש הכרת מהווה רובד נוסף של ענישה רוחנית ונצחית. גם אם בית הדין המית את החוטא, אם הוא לא חזר בתשובה לפני מותו, נפשו תיכרת מחיי העולם הבא ותאבד את חלקה בעם ישראל [ספורנו, אור החיים, ביאור יש"ר, הופמן]. פירוש אחר מסביר שהכרת מתבטא בעולם הזה בכך שזרעו של החוטא יושמד ושמו יימחה לחלוטין מן העולם [שד"ל, העמק דבר, אבן עזרא], ויש הסוברים שהעונש יחול גם על משפחתו ועל כל מי שזנה אחריו בדרכו הרעה [רלב"ג].
כִּי מִזַּרְעוֹ נָתַן לַמֹּלֶךְ – התורה משתמשת במילה "זרעו" במקום לכתוב "בנו ובתו", כדי להרחיב את האיסור ולכלול בו גם את נכדיו של החוטא, ואף ילדים שנולדו מזרע פסול [רש"י, מזרחי, מלבי"ם]. תשומת לב מיוחדת ניתנת למילה "מזרעו", המרמזת על כך שהחוטא נתן רק חלק מזרעו למולך. מצב זה מייצר חילול השם חמור במיוחד, שכן החוטא מגדל את רוב בניו כיהודים לכל דבר, והסביבה רואה בו אדם נורמטיבי. דווקא הצביעות הזו, שבה אדם הנחשב לחלק מהקהילה מבצע מעשה כה מתועב, גורמת לאחרים ללמוד ממעשיו ולהידרדר [חתם סופר]. מבחינה רעיונית, עובד המולך אינו כופר בהכרח בה', אלא מאמין בכוח גורל עיוור (המולך) שיש לפייסו. הוא מקריב ילד אחד כדי להבטיח את שלומם של שאר ילדיו. כנגד תפיסה מעוותת זו, ה' מעניש אותו בכך שהוא מכרית ומאבד דווקא את שארית זרעו שעליה ניסה להגן [רש"ר הירש].
לְמַעַן טַמֵּא אֶת מִקְדָּשִׁי – בעוד שיש מי שמפרש זאת כטומאה של בית המקדש הפיזי [מלבי"ם], רוב הפרשנים מסכימים כי המילה "מקדשי" משמשת כאן ככינוי לכנסת ישראל או לארץ ישראל, המקודשות לה'. מעשהו של אדם יחיד מחדיר רוח של טומאה לעם כולו, פוגע בקדושת האומה, וגורם לשכינה להסתלק מישראל [רמב"ן, רש"י, ספורנו, שפתי חכמים]. החוטא משבש את הסדר האלוהי, בדומה לאדם שנהנה מן העולם ללא ברכה ומונע את שפע השכינה מן המציאות [גור אריה]. במובן נוסף, החוטא מבזה את מקדש ה' בכך שהוא מקריב בו רק בהמות, בעוד שלמולך הוא מקריב בני אדם, ובכך הוא יוצר מראית עין כאילו במת המולך נכבדה וחשובה יותר ממזבח ה' [שד"ל, אם למקרא].
וּלְחַלֵּל אֶת שֵׁם קָדְשִׁי – המעשה נובע מרצון מודע להכעיס ולחלל את שם ה' [העמק דבר]. יתרה מכך, מכיוון שהחוטא הוא יהודי המזוהה עם ה', אומות העולם שרואות את מעשיו עלולות לחשוב בטעות שאלוהי ישראל הוא שציווה על אכזריות כזו, ובכך שם ה' מתחלל ומתבזה לעיני כול [בכור שור]. מבחינה פילוסופית, ייחוס כוח אלוהי ליסוד חומרי כמו האש של המולך, תוך התעלמות מהרוחניות הטהורה, מהווה חילול עמוק של המושג האלוהי [רלב"ג].