מזמור זה מהווה קינה נבואית נוקבת על חורבן בית המקדש, על אובדן הנבואה ועל התארכותה המייסרת של הגלות [רד"ק, מלבי"ם, מאירי]. המשורר פותח במילה מַשְׂכִּיל, המעידה על כך שמדובר בפיוט שנועד לעורר את הלבבות [אבן עזרא, מאירי].
המשורר זועק ושואל לָמָה אֱלֹהִים זָנַחְתָּ לָנֶצַח, כלומר מדוע עזבת והרחקת אותנו למשך זמן כה רב, עד שנדמה כי העזיבה היא מוחלטת ותימשך לעולם [רד"ק, מצודת דוד, מאירי]. השאלה מבטאת התלבטות כואבת לנוכח התארכות הגלות: האם ה' עזב את עמו נטישה עולמית ללא כוונה לשוב, או שמא מדובר בעזיבה זמנית בלבד, אלא שכעסו פשוט טרם שקע [מלבי"ם].
בחלקו השני של הפסוק, המשורר תוהה מדוע יֶעְשַׁן אַפְּךָ בְּצֹאן מַרְעִיתֶךָ, כלומר מדוע אתה ממשיך לכעוס על עם ישראל, שהם הצאן שאתה רועה [שטיינזלץ, מצודת דוד]. רוב הפרשנים מסכימים כי השימוש בביטוי של עשן היוצא מן האף נועד לסבר את האוזן בלשון בני אדם; כשאדם מתמלא בחימה, גופו מתחמם ונראה כאילו עשן יוצא מנחיריו. זהו משל לעוצמת הכעס האלוהי, המדומה לאש.
רובד נוסף ועמוק לשאלה זו מציג גישה לפיה בזמן החורבן ה' כילה את חרון אפו בעצים ובאבנים של בית המקדש, וזאת כדי להציל את שארית העם [אלשיך]. לאור זאת, זעקתו של אסף מקבלת משמעות כפולה: אם אש הכעס כבר הוצתה וכילתה את המקדש, מדוע העשן שנותר מאותה אש עדיין ממשיך לפגוע ולכלות את העם עצמו, שהוא צאן מרעיתך?