המזבח מהווה את מוקד העבודה בחצר המשכן, ומקומו מחוץ לאוהל מועד הפנימי מסמל כי זיכוך הטבע החומרי והבהמי של האדם הוא תנאי מקדים והכרחי לפני הכניסה אל הקודש [חומש קה"ת, שפתי כהן]. התורה משתמשת בה"א הידיעה במילה הַמִּזְבֵּחַ, כדי לרמוז למזבח המוכר שהעם ציפה לו מאז מעמד הר סיני, או לתבנית הרוחנית המדויקת שכבר הראה ה' למשה בהר [אור החיים, רש"ר הירש, אברבנאל].
מזבח זה, הנקרא גם "מזבח החיצון" או "מזבח העולה", נועד ללוות את בני ישראל במסעותיהם [רשב"ם, רבינו בחיי, ביאור יש"ר]. הציווי לבנותו מעֲצֵי שִׁטִּים יוצר לכאורה סתירה, שכן אש דלקה עליו תמיד, והוא נראה כמנוגד לציווי הקודם לבנות "מזבח אדמה". הפרשנים מסבירים כי הפתרון לכך היה בניית מסגרת עץ חלולה וניידת, נטולת גג, שבכל חניה מילאו אותה באדמה ובאבנים שעליהן בערה האש, וכך המזבח לא נשרף [קאסוטו, אברבנאל, העמק דבר]. מבחינה סמלית, עצי השיטים נועדו לכפר על ה"שטות" שבחטא העגל, והלוחות החלולים מסמלים את האדם החלול והריק מדעת שצריך לקחת לליבו ולשוב בתשובה [כלי יקר]. ברובד נוסף, תהליך העיכול והשריפה של הקרבנות על המזבח מקביל לפעולת מערכת העיכול בגוף האדם, כאשר מידותיו וחלקיו של המזבח רומזים לאיברים הפנימיים השונים [מלבי"ם].
מידות המזבח, חמש אמות אורך וחמש אמות רוחב, מקבילות לשני לוחות הברית שבהם חמש דיברות בכל צד [רבינו בחיי, דעת זקנים], וכן לעשרה רכיבים פיזיים שהאדם יורש מהוריו, מתוך תפיסה שהחטא נובע מהטבע החומרי בשר ודם [כלי יקר]. הדרישה שהמזבח יהיה רָבוּעַ משמעותה שארכו ורחבו שווים לחלוטין [אבן עזרא]. הפרשנים מסכימים כי בעוד שהמידות הספציפיות של חמש אמות היו נכונות רק לדור המדבר והשתנו במקדשים המאוחרים, עצם הצורה המרובעת והמכוונת במדויק לרוחות העולם היא חובה הלכתית שמעכבת את כשרות המזבח לדורות [העמק דבר, הכתב והקבלה, רלב"ג, רש"ר הירש].
ביחס לגובה המזבח, המילים וְשָׁלֹשׁ אַמּוֹת קֹמָתוֹ מעוררות מחלוקת, שכן מדובר בגובה נמוך שאינו פרופורציונלי לשטחו הרחב [ביאור שטיינזלץ]. גישה אחת מפרשת את הפסוק כפשוטו: גובה המזבח היה בדיוק שלוש אמות, כקומתו של אדם ממוצע, מה שאפשר לכוהנים לעבוד עליו ללא צורך בכבש גדול [רש"י, כלי יקר, אברבנאל]. גובה זה גם רומז לשלושת הגואלים של ישראל במדבר: משה, אהרן ומרים [רבינו בחיי, דעת זקנים]. לעומת זאת, הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שגובהו הכולל של המזבח היה עשר אמות. לפי גישה זו, "קומתו" אינה מתייחסת לגובה הכללי מן הקרקע, אלא רק לחלק העליון והזקוף של המזבח – משפת הבליטה שסבבה אותו (הסובב) ועד למקום המערכה שבו הונחו העצים והקרנות [רש"י, רבינו בחיי, הכתב והקבלה, תורה תמימה, רלב"ג, דעת זקנים, רש"ר הירש].
לבסוף, ציפוי הנחושת של המזבח נועד לכפר על "עזות מצח", אך בה בעת הוא מעביר מסר פסיכולוגי עמוק לחוטא: אל לו להתבייש לשוב בתשובה, אלא עליו להשתמש במידת העזות דווקא כדי להודות בחטאו ולהתקרב חזרה לה' [כלי יקר, אלשיך].