אפילו בנקודת השפל העמוקה ביותר של יוסף, בעודו כלוא במקום של סבל ושלשלאות ברזל, ההשגחה העליונה אינה נוטשת אותו. הנוכחות האלוהית יורדת אל מעמקי הגלות והשביה, ומאירה את מציאותו החשוכה של יוסף בתוך הכלא.
המילים וַיְהִי ה׳ אֶת יוֹסֵף מלמדות כי השכינה ירדה לשהות יחד עם יוסף בתוך בית האסורים [צאינה וראינה, אלשיך]. למרות הצרה והיגון, רוחו הטובה של יוסף לא עזבה אותו, והשגחת ה' עמדה לו [ביאור יש"ר]. נקודה זו מהווה את התחתית שאליה היה יוסף צריך לרדת, וממנה מתחיל ה' להשפיע עליו את חסדו [רש"ר הירש].
הביטוי וַיֵּט אֵלָיו חָסֶד מצביע על התערבות שהיא למעלה מדרך הטבע. בית כלא הוא מטבעו מקום הנעדר חן וחסד, בהיותו מלא באנשי עוול ופשע [העמק דבר]. לכן, הטה ה' כלפי יוסף חסד מיוחד ונהג בו כאיש נקי מפשע [מלבי"ם]. בהשראת השכינה על יוסף, הוא הושפע ממקור החן האלוהי, וכך הפך בעצמו למקור של חן המקרין על סביבתו [אור החיים]. שד"ל מבחין בין המושגים ומסביר כי ה"חסד" שייך לאדם האוהב, בעוד ה"חן" הוא תכונתו של האהוב. בתחילה, ה' משך את חסדם של כל רואיו אל יוסף באופן כללי, עד שהיה מקובל ומוצא חן בעיני כולם, בדומה לביטוי המשנאי המתאר "כלה נאה וחסודה" [רש"י, שד"ל].
לאחר מכן, עובר הכתוב אל ההשגחה הפרטית הממוקדת: וַיִּתֵּן חִנּוֹ בְּעֵינֵי שַׂר בֵּית הַסֹּהַר. יש המייחסים זאת לקסמו האישי ולכישרונו הטבעי של יוסף לשאת חן בעיני זרים [ביאור שטיינזלץ], אך הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שמדובר בנס של ממש. בניגוד לפוטיפר שהיה שר וגדול, שר בית הסוהר היה אדם אכזר וחסר רחמים מטבעו, עקב התעסקותו התדירה עם פושעים ואנשים רעים. ה' התערב ישירות והרכיב את חנו של יוסף בתוך עיניו של השר האכזר, כדי שיבחין בטובתו חרף אופיו הקשה [אברבנאל, מלבי"ם, אור החיים]. אגב כך, מצוין כי באומה משועבדת כמצרים, כל אדם שמקבל מעט סמכות מיד הופך ל"שר" [רש"ר הירש].
באשר למונח בֵּית הַסֹּהַר, הפרשנים חלוקים לגבי מקורו. יש הסבורים כי מדובר במילה בשפה המצרית, ולכן התורה נדרשה להסביר מיד לאחר מכן שמדובר במקום שבו אסירי המלך אסורים [אבן עזרא, מחוקקי יהודה]. לעומת זאת, אחרים מסבירים את המילה על פי השפה העברית, מלשון צורה עגולה, שכן בתי הכלא נבנו כמגדלים עגולים וחזקים ללא פינות [מחוקקי יהודה].