לאחר ההאשמה החמורה של אשת פוטיפר, יוסף נשלח למאסר. עם זאת, אופן כליאתו ומיקום המאסר חושפים מסכת מורכבת של ספקות, שמירה על כבוד המשפחה והשגחה אלוהית, המכינים את הקרקע לעלייתו העתידית לגדולה.
השאלה המרכזית העולה מן הפסוק היא מדוע יוסף לא הוצא להורג, שהרי פגיעה באשת אדון בכיר נחשבה לעבירה שדינה מוות. הגישה המרכזית בקרב הפרשנים היא שפוטיפר נמנע מהריגתו משום שהדבר היה נתון בספק; לא היו עדים למעשה, והיה זה מצב של מילה כנגד מילה [רלב"ג, בכור שור, חזקוני]. יתרה מכך, פרשנים רבים סבורים שפוטיפר ידע שיוסף חף מפשע, אך נאלץ לכלוא אותו כדי לחפות על אשתו ולמנוע חרפה ובושה ציבורית [שד"ל, רש"ר הירש, צאינה וראינה, קונטרס חיבה יתירה]. מתוך הכרה בצדקתו של יוסף, ואולי אף מתוך יראה מהנוכחות האלוהית ששרה עליו [אלשיך], פוטיפר לא מסר אותו לידי סוהרים פשוטים שיובילו אותו בביזיון, אלא וַיִּקַּח אותו בעצמו, מתוך כבוד וחיבה שעדיין רחש לו [מלבי"ם, אברבנאל].
באשר לביטוי בֵּית הַסֹּהַר, יש הסבורים כי מדובר במילה מצרית עתיקה, ולכן התורה מוסיפה מיד את ההסבר "מקום אשר אסירי המלך אסורים" [שד"ל, הטור הארוך בשם ראב"ע]. מנגד, אחרים מבארים את המילה על בסיס השפה העברית: יש שפירשו כי מדובר במבנה בעל כיפה עגולה [רש"ר הירש], ויש שהסבירו כי זהו בור תת-קרקעי שבו פתח קטן המכניס אור, מלשון המילה "צוהר", תוך חילוף האותיות צד"י וסמ"ך [רמב"ן, רבנו בחיי].
יוסף לא הושלך לכלא רגיל של פושעים פליליים, אלא הוכנס אל מְקוֹם אֲשֶׁר אֲסִירֵי הַמֶּלֶךְ אֲסוּרִים. זהו אגף מיוחד ומכובד שנועד לאסירים פוליטיים, שרים ופקידי ממשל שסרחו [רמב"ן, ביאור שטיינזלץ, ביאור יש"ר]. בית סוהר זה היה ממוקם למעשה בתוך אחוזתו של פוטיפר, מתוקף תפקידו כשר הטבחים [העמק דבר, בכור שור, אלשיך]. הכתיב הכפול של המילה בפסוק – נכתב אֲסוּרֵי אך נקרא אֲסִירֵי – רומז לכך שבמקום זה שהו שני סוגי כלואים: עצירים הממתינים למשפטם באופן זמני, ואסירים המרצים עונש קבוע [רש"ר הירש, רד"ק]. הצבתו של יוסף באגף זה הייתה חסד מצד אדוניו [הטור הארוך, מלבי"ם], אך מעל לכל – זו הייתה תוכנית אלוהית מדויקת שנועדה להפגיש אותו בהמשך עם שר המשקים ושר האופה [רמב"ן, ביאור יש"ר].
סיומו של הפסוק, וַיְהִי שָׁם בְּבֵית הַסֹּהַר, נראה לכאורה ככפילות מיותרת, אך הפרשנים מוצאים בו משמעויות עמוקות לגבי מצבו של יוסף. מבחינה מעשית, יש המסבירים כי יוסף לא היה כבול בשלשלאות כאסיר רגיל, אלא התהלך שם באופן חופשי ושימש כמנהל וכעובד של המקום [מלבי"ם, אלשיך]. מבחינה רוחנית, המילה "שם" מורה על מעלה וגובה; גם במעמקי הכלא, יוסף השיג מעלה גבוהה וזכה לכבוד [הכתב והקבלה]. הוא קיבל את ייסוריו בשמחה [שפתי כהן], והשכינה ירדה עמו אל תוך החשכה. שהייתו שם מהווה סמל ורמז לעם ישראל לדורותיו: כשם שה' היה עם יוסף בבור הכלא ומשם הצמיח את גאולתו, כך השכינה שרויה עם ישראל בגלותם, עד לעת הגאולה [רבנו בחיי, שד"ל].