דברי ה' לקין לאחר דחיית מנחתו מציגים את אחד השיעורים העמוקים ביותר על טבע האדם, הבחירה החופשית ומנגנון החטא. במקום לדחות את קין לחלוטין, ה' פונה אליו בהדרכה פסיכולוגית ורוחנית, ומסביר לו כי גורלו, מעמדו ויכולת התיקון שלו נתונים בידיו בלבד.
הכתוב פותח בהבטחה אִם תֵּיטִיב שְׂאֵת. המילה שְׂאֵת מתפרשת במספר אופנים מרכזיים. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שמדובר בלשון סליחה ונשיאת עוון, כלומר, אם תשפר את דרכיך, חטאך ייסלח וה' יישא את עוונך [רש"י, רד"ק, ספורנו, בכור שור]. מפרשים אחרים רואים בכך התייחסות למצבו הנפשי והפיזי של קין; בניגוד ל"נפילת הפנים" שחווה מתוך בושה וקנאה, אם ייטיב את מעשיו הוא יוכל לשאת את פניו בגאון ולהזדקף [אבן עזרא, הכתב והקבלה, קאסוטו]. גישה שלישית קושרת זאת למעמדו החברתי והמשפחתי, ומסבירה כי אם קין ינהג כראוי, תישמר לו נשיאותו ובכורתו על פני הבל, והוא יזכה ליתרון ולרוממות [רמב"ן, שד"ל, רש"ר הירש]. בנוסף, יש המפרשים זאת ביחס למנחה עצמה – אם תתקן את מעשיך ותביא קרבן מהודר מתוך כוונה טהורה, הוא יתקבל ברצון [מלבי"ם, חזקוני, תורת החסידות].
לעומת זאת, מזהיר ה', וְאִם לֹא תֵיטִיב – לַפֶּתַח חַטָּאת רֹבֵץ. המילה לַפֶּתַח זוכה למגוון פירושים המצביעים על המקומות בהם החטא ממתין לאדם. יש הרואים בכך את פתח הקבר, כלומר, העונש והדין ממתינים לחוטא ביום מותו ובעולם הנשמות [רש"י, רבנו בחיי, הכתב והקבלה]. אחרים מפרשים זאת כפתח הבית, המייצג את מכשולי החיים האורבים לאדם בכל יציאה ובכל דרך [רמב"ן, רד"ק], או פתח הפה, כאזהרה לשמור על הדיבור לבל יחטא [אבן עזרא]. גישה נוספת דורשת זאת על פתח יציאת הוולד לאוויר העולם, הרגע שבו יצר הרע נכנס באדם ומתחיל לשלוט בו [תורה תמימה].
הביטוי חַטָּאת רֹבֵץ מתאר את היצר הרע או את העונש עצמו כיישות חיה. הפרשנים מעירים על חוסר ההתאמה הדקדוקי בפסוק – המילה "חטאת" היא בלשון נקבה, ואילו "רובץ" מנוסח בלשון זכר. שינוי זה נועד ללמד שבתחילה היצר הרע חלש כנקבה, אך אם האדם נכנע לו, הוא הולך ומתגבר כזכר גיבור [רד"ק]. היצר הרע מומשל לזבוב או לכלב האורב בפתח; אין לו כוח לפרוץ פנימה אל תוך נפש האדם בעצמו, אך הוא ממתין בחוץ. ברגע שהאדם פותח לו פתח קטן של חטא ועבירה, דרכו הוא נכנס ומרחיב את הפרצה עד שהוא משתלט לחלוטין [כלי יקר, רש"ר הירש].
הכתוב ממשיך ומתאר את אופי היצר: וְאֵלֶיךָ תְּשׁוּקָתוֹ. הפרשנים מסכימים כי היצר הרע שוקק ומתאווה תמיד להכשיל את האדם, להדיחו מדרך הישר ולהחטיאו [רש"י, רד"ק, ספורנו]. פירוש ייחודי רואה ב"תשוקה" זו את קול המצפון והחרטה שיהמו בלב החוטא, ירגיזו אותו ולא יתנו לנפשו מנוח לאחר המעשה [הכתב והקבלה]. מנגד, יש המפרשים מילים אלו דווקא ביחס להבל, ומסבירים כי למרות המריבה, הבל עדיין משתוקק לאחיו הגדול ומוכן לסור למשמעתו [אבן עזרא, חזקוני]. גישה מקורית נוספת טוענת כי הכוחות הפיזיים והיצרים שבאדם אינם רעים מיסודם, אלא "משתוקקים" שהאדם ישלוט בהם, ינהיג אותם וישתמש בהם למטרות נעלות, בדומה לקשר נישואין מתוקן [רש"ר הירש].
הפסוק נחתם בהכרזה מהותית המהווה את יסוד האמונה: וְאַתָּה תִּמְשָׁל בּוֹ. כאן טמון כוחה של הבחירה החופשית. האדם אינו כפוף ליצריו, לגורלו או לטבעו הבהמי. ה' מודיע לקין כי יש בידו את הכוח השכלי והרוחני להתגבר על החטא, לכבוש את יצרו, ולשוב בתשובה בכל עת שיחפוץ [רמב"ן, רס"ג, מלבי"ם, ביאור יש"ר]. לפי הגישה שהפסוק עוסק במערכת היחסים עם הבל, ההבטחה היא שאם קין ייטיב את דרכיו, הוא יוכל לממש את בכורתו ולהמשיך למשול באחיו הצעיר כדין [אבן עזרא, חזקוני].