הנביא משתמש בהלכות טומאה וטהרה כמשל נוקב למצבם הרוחני והמוסרי של ישראל. המסר המרכזי העולה מן הדברים הוא שטומאה ופגמים רוחניים מתפשטים בקלות ועוברים מדבר לדבר אף במגע חיצוני, בעוד שקדושה אינה עוברת מאליה ודורשת הפנמה ועבודה פנימית עמוקה. העם סבר בטעות שעצם הבאת הקרבנות על המזבח תספיק כדי לקדש אותם ולברך את תבואתם, אך הנביא מבהיר כי קדושה אינה נדבקת באופן שטחי וקל כל כך.
בבואם לפרש אל מי מופנית התוכחה, חלוקות הדעות. יש הסבורים כי הכפילות בביטויים כֵּן הָעָם הַזֶּה וכן וְכֵן הַגּוֹי הַזֶּה נועדה להדגשה בלבד [מצודת דוד, רד"ק]. לעומת זאת, גישה אחרת מחלקת את הנמענים: הָעָם מתייחס לכהנים, שהם קבוצה נבחרת ומעולה יותר, ואילו הַגּוֹי מתייחס לכלל האומה הישראלית [אבן עזרא, מלבי"ם, רד"ק].
התרעומת האלוהית, הנאמרת לְפָנַי – כלומר, ביחס לדברי התורה שניתנו מאת ה' – נובעת מכמה סיבות המשתלבות זו בזו. ראשית, העם והכהנים שרויים בבורות וטועים בהלכות רבות משום שאינם נותנים את ליבם ללמוד [רש"י, מצודת דוד]. הם מקפידים להביא קרבנות על חטאים קלים בשוגג, אך בה בעת חוטאים במזיד בעבירות חמורות [אבן עזרא].
שנית, הפסוק קובע כי וְכֵן כָּל מַעֲשֵׂה יְדֵיהֶם נגוע בטומאה. כשם שהטומאה נאחזת בגוף גם במגע חיצוני, כך מעשיהם של העם נדבקים בטומאה משום שהם נעשים באופן חיצוני בלבד, ללא כוונה פנימית בלב ובנפש [מלבי"ם]. שורש הטומאה והחטא טמון בסדר העדיפויות הפגום שלהם: הם מתחייבים בנפשם בכך שהם מזדרזים לבנות את בתיהם הפרטיים, אך מזניחים את בניין בית ה' ומותירים אותו חרב [אבן עזרא, אברבנאל]. הכהנים מצדם אשמים בכך שלא הוכיחו והזהירו את העם לבנות את המקדש [רד"ק].
מתוך כך, מסיק הנביא כי וַאֲשֶׁר יַקְרִיבוּ שָׁם טָמֵא הוּא. הקרבנות שהם מביאים נחשבים לטמאים מכמה טעמים. מאחר שאין במעשיהם כוונה רוחנית ראויה, הקרבן הופך למעשה גשמי גרידא המוקרב על אבנים במקום רחוק, ולכן טומאתם דבקה בו [מלבי"ם]. בנוסף, עצם העובדה שהם מקריבים על המזבח בעוד בית המקדש חרב, מעידה על זלזול בכבוד ה', ולכן הקרבנות פסולים וטמאים [רד"ק]. אם לא יתנו את ליבם ללמוד ולתקן את דרכיהם, כל עבודת המזבח שלהם תיוותר בטומאתה [מצודת דוד].