במהלך עבודות השיפוץ במקדש התרחש גילוי משמעותי. במשך שנים איש לא בדק את המקדש ואת אוצרותיו [שטיינזלץ], וכעת, וּבְהוֹצִיאָם את הכסף, בעת שעסקו בהוצאת הכספים מאוצרות המקדש לצורך מימון עבודות הבנייה, מצא חלקיהו הכהן ממצא נדיר [מצודת דוד, מלבי"ם].
באשר למהותו של סֵפֶר תּוֹרַת ה' בְּיַד מֹשֶׁה שנמצא, קיימות שתי גישות. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שמדובר בספר התורה המקורי שכתב משה רבנו במו ידיו. ספר נודע זה היה יקר ערך, והוא הוסתר ונעלם במהלך שנות שלטונם של מנשה ואמון בנו. למרות החיפושים אחריו, מקום מחבואו לא היה ידוע עד לאותו רגע שבו התגלה מחדש באוצרות המקדש [מלבי"ם]. מנגד, יש המפרשים כי הצירוף אינו מתאר בהכרח את הספר הפיזי המקורי, אלא מתייחס לתוכן הספר, ומזהים אותו ספציפית עם חומש דברים הנקרא "משנה תורה" [רש"י].