החלטתו של דוד למסור את צאצאי שאול לידי הגבעונים מעוררת את השאלה כיצד נבחרו האנשים, ומדוע ניצל מפיבושת. הכתוב מדגיש את ייחוסו של מפיבושת כבן יהונתן, כדי ללמד שראוי היה לחמול עליו מסיבה מהותית: יהונתן לא היה שותף כלל למעשיו של שאול אביו בהריגת הגבעונים או כוהני נוב. אדרבה, הוא היה קשור בברית של אהבה עם דוד, ולכן לא היה זה צודק שבנו ייענש על חטאי סבו [מצודת דוד, אברבנאל]. משום כך, דוד שמר על מפיבושת ככל יכולתו, מתוך נאמנות לאותה שבועת ה' שהייתה בינותם, כלומר ביניהם [מצודת ציון, ביאור שטיינזלץ].
באשר לאופן שבו ניצל מפיבושת בפועל, קיימות שתי גישות מרכזיות. לפי דרך הפשט, דוד הוא זה שבחר בעצמו אילו שבעה מצאצאי שאול יימסרו לגבעונים, וכך דאג מראש להוציא את מפיבושת מן הרשימה כדי לקיים את שבועתו ליהונתן [אברבנאל]. לעומת זאת, מסורת חז"ל מציגה מבחן נסי שנעשה באמצעות ארון הברית. לפי גישה זו, דוד העביר את כל צאצאי שאול לפני הארון, וכל מי שהארון "קלט" ועצר אותו במקומו – נגזר עליו למות. לאור זאת, המילים וַיַּחְמֹל הַמֶּלֶךְ מתפרשות בכך שדוד התפלל וביקש רחמים במיוחד על מפיבושת כדי שהארון לא יקלוט אותו [רש"י, חומת אנך, אברבנאל]. כדי ליישב את החשש שמא תפילה זו נחשבת למשוא פנים מצידו של דוד, מוסבר כי ה' הסכים עם דוד, קיבל את בקשתו, וכך ניצל מפיבושת בדין [אברבנאל].
במישור המשפטי והמוסרי, עצם הוצאתם להורג של בנים בעוון אבותיהם במקרה זה מעוררת קושי מול איסורי התורה. הדבר מוסבר בכך שפעולה זו לא נדונה על פי דין התורה הרגיל, אלא מתוקף "דין המלך". סמכות ייחודית זו מאפשרת למלך לחרוג מכללי הענישה הרגילים כאשר ישנו "צורך שעה" דוחק המחייב זאת למען תיקון המצב [מלבי"ם].