בארץ ישראל, התלויה בגשמי שמים וחסרה מאגרי מים גדולים, שלוש שנים רצופות של בצורת ורעב מהוות אסון כבד המעורר חשבון נפש לאומי [ביאור שטיינזלץ]. מול המשבר המתמשך, מבין המלך כי אין מדובר בפגעי טבע מקריים, אלא בהתערבות השגחית הדורשת בירור ותיקון.
הפרשנים מסבירים כי ההמתנה עד השנה השלישית נבעה מתהליך של חיפוש עצמי באומה. בשנה הראשונה תלו העם את הרעב בעוון עבודה זרה, בשנה השנייה בעוון גילוי עריות, ובשלישית בעוון שפיכות דמים. משלא מצאו חטאים אלו בקרבם, הבין דוד כי הדבר תלוי בו [מלבי"ם, רד"ק, אלשיך, אברבנאל]. בשלב זה נאמר וַיְבַקֵּשׁ דָּוִד, כלומר, הוא פנה לשאול באורים ותומים כדי לברר את הסיבה המדויקת לגזירה [מצודת דוד, רד"ק, ביאור שטיינזלץ, אלשיך].
תשובתו של ה' חושפת מציאות מורכבת, ודורשת תיקון של שני עוולות מנוגדים לכאורה הקשורים במלך הקודם: תביעת כבודו של שאול מחד, ותביעה על חטאיו מאידך. המילים אֶל שָׁאוּל מצביעות על כך שהעם נענש על שלא הספיד את שאול כראוי למלך, שכן הוא נקבר בחופזה ובהיחבא. לעומת זאת, המילים וְאֶל בֵּית הַדָּמִים מתייחסות לאשמת שפיכות הדמים של בית שאול, ובמיוחד לטבח שביצע בעיר הכהנים נוב [רש"י, מצודת דוד, רד"ק, אלשיך].
החטא המרכזי שמוזכר הוא עַל אֲשֶׁר הֵמִית אֶת הַגִּבְעֹנִים. הפרשנים נחלקים בשאלה כיצד ומתי פגע בהם שאול:
הגישה המרכזית קובעת כי הפגיעה התרחשה במהלך חורבן נוב עיר הכהנים. הגבעונים שימשו שם כחוטבי עצים ושואבי מים, ונהרגו יחד עם הכהנים [רש"י, מצודת דוד, רד"ק, אברבנאל]. חלק מהמפרשים בגישה זו מוסיפים כי עצם הריגת הכהנים, שהיו ספקי המזון והמים של הגבעונים, נחשבת כאילו שאול המית את הגבעונים בידיו, שכן הוא גדע את מטה לחמם [רש"י, רד"ק, אלשיך].
גישה אחרת גורסת כי מעבר לאירוע בנוב, שאול רדף את הגבעונים באופן פעיל בכל גבול ישראל. מתוך קנאות לאומית מוטעית, ואולי כאמתלה על כך שהגבעונים רימו את יהושע בן נון מאות שנים קודם לכן, הוא גירש אותם והפקיר את דמם [רלב"ג, מלבי"ם].
עולה השאלה מדוע העונש הגיע שנים רבות כל כך לאחר מות שאול, ומדוע העם נענש על חטאי המלך. הפרשנים מסבירים כי על הריגת הכהנים שאול כבר נענש בחייו כשמת בקרב, אך העונש על הפגיעה בגבעונים הושהה [אברבנאל]. הרעב פגע בכלל ישראל משום שהעם עמד מנגד ולא מחה כאשר שאול שפך את דם הגבעונים או גירש אותם [מצודת דוד, מלבי"ם, אברבנאל]. יתרה מכך, גם בימי דוד לא טרח איש לתקן את העוול שנעשה לאותם גרים חלשים ומקופחים, ולכן חרה אף ה' [מלבי"ם].
עיכוב העונש עד לימי דוד נועד להעביר מסר מהדהד של קידוש השם: להראות לעין כל כי ה' תובע את עלבונם של גרים וחלשים, ואינו נושא פנים גם למשפחת המלוכה [אלשיך]. בנוסף, תזמון העונש לשלב זה נועד לנחם את דוד לאחר הטרגדיות שחווה במשפחתו, ולהמחיש לו שמשפטי ה' עמוקים ומתפרסים על פני עשרות שנים, כך שיבין כי הצדק האלוהי פועל בדרכים נסתרות [אברבנאל].