רגעי חייו האחרונים של עלי הכהן מסתיימים באסון כפול, שבו השבר הלאומי והרוחני מכריע את גופו. הזרז לנפילה אינו תבוסת העם או מות בניו, אלא הפגיעה בקודש.
כְּהַזְכִּירוֹ אֶת אֲרוֹן הָאֱלֹהִים כאשר המבשר הזכיר כי ארון הברית נלקח בשבי. הארון היה הדבר היקר ביותר בעיני עלי, והזעזוע העמוק וכאב הלב שאחזו בו עם שמיעת הבשורה, גימדו אף את הצער על מות שני בניו וצרת העם [אברבנאל, מלבי"ם, רד"ק].
מתוך ההלם, וַיִּפֹּל מֵעַל הַכִּסֵּא אֲחֹרַנִּית בְּעַד יַד הַשַּׁעַר. עלי נפל לאחוריו מכיסאו, אל עבר מקום השער או דרך השביל המוביל אליו [מצודת דוד, מצודת ציון, רד"ק]. יש המציינים כי מכיוון שהשער שלידו ישב היה פתוח, לא נותר לו על מה להישען [ביאור שטיינזלץ]. כתוצאה מהנפילה הקשה, וַתִּשָּׁבֵר מַפְרַקְתּוֹ שהיא עצם הצוואר שלו, הנקראת כך משום שהיא עשויה ממערכת של פרקים וחוליות [רש"י, רד"ק, מצודת ציון, ביאור שטיינזלץ]. חומרת הפגיעה נבעה משילוב של נפילה מכיסא גבוה, זווית הנפילה לאחור, והמיקום במרומי השער [מלבי"ם].
הפרשנים מסבירים את הסיבות למותו המיידי מתוך הכתוב וַיָּמֹת כִּי זָקֵן הָאִישׁ וְכָבֵד. מצבו הגופני של עלי חרץ את גורלו. בשל גילו המופלג, גופו כבר לא היה גמיש וכוחו תש, ולכן לא הצליח להתחזק ולהטות את עצמו על צדו כדי לבלום את המכה [מצודת דוד, ביאור שטיינזלץ]. בנוסף לזקנתו הוא היה כבד תנועה ובעל בשר, כך שמשקלו הרב הפך את עוצמת הנפילה לקטלנית [רד"ק, ביאור שטיינזלץ].
בסיום, הכתוב מציין וְהוּא שָׁפַט אֶת יִשְׂרָאֵל אַרְבָּעִים שָׁנָה. נתון זה אינו רק ציון היסטורי, אלא הסבר נוסף למותו. שנות ההנהגה הארוכות שאבו את כל כוחותיו [מלבי"ם], ויש המפרשים כי עצם העמל והמשא הכבד של שפיטת העם במשך ארבעה עשורים, הם אלו שגרמו לזקנה ולכבדות לקפוץ עליו בטרם עת [אברבנאל].
ברובד נסתר ורוחני יותר, מוסבר כי צורת מיתתו של עלי בנפילה מכיסא ושבירת המפרקת, היוותה למעשה תיקון נשמות היסטורי. על פי גישה זו, עלי היה גלגול של אהרן הכהן, ומיתתו בנפילה, הדומה לעונש סקילה, דווקא בזמן הזכרת ארון הברית, נועדה לתקן את הפגם של אהרן בחטא עגל הזהב [חומת אנך].