המשפט האלוהי מתואר כמערכה עוצמתית שנועדה לעשות צדק בארץ, להעניש אנשי חמס ולהשמיד את אומות העולם הרשעות באמצעות אש, סערה וזעם [שד"ל, צאינה וראינה]. חלק מהפרשנים ממקדים את התיאור באחרית הימים, במלחמת גוג ומגוג שבה ייאספו כל הגויים אל ירושלים [מלבי"ם, רד"ק].
המילה נִשְׁפָּט זוכה להתייחסות נרחבת. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהמילה אינה מתארת רק חריצת דין, אלא מבטאת התדיינות, ויכוח וניהול משפט. ה' מופיע גם כבעל הדין וגם כדיין, והוא שוטח את טענותיו כדי לחשוף את עוונותיהם ופשעיהם של הנידונים [רש"י]. עצם הבאת האש והחרב, וריבוי החללים שנופלים, הם הם ה"וויכוח" האלוהי, שכן דרכם ה' מוכיח לבני האדם שהם פשעו ומרדו בו [מצודת דוד]. מבחינה דקדוקית, יש המסבירים כי הפועל הוא בבניין נפעל [רד"ק], ויש הרואים בו פועל אקטיבי, בדומה לאדם שנשבע [אבן עזרא]. המילה אֶת־ מפורשת כאן במשמעות של "עם", כלומר ה' יבוא במשפט עם כל בשר [ביאור שטיינזלץ].
כלי המשפט של ה' מחולקים לשני רבדים:
בָאֵשׁ – עונש שמימי. יש המפרשים זאת כאש של גיהינום [רש"י], ויש המסבירים כי מדובר באש ואבני ברד שיירדו מן השמיים [מלבי"ם].
וּבְחַרְבּוֹ – עונש ארצי. החרב אינה בהכרח חרב פיזית שאוחז ה', אלא מהומה שבה איש יפנה את חרבו נגד אחיו [מלבי"ם, רד"ק].
על פי גישה חלופית, מבנה הפסוק הפוך ויש לקרוא אותו כך: ה' שופט את כל בשר באש ובחרב [רש"י].
שילובן של שתי המכות הללו, האש היורדת מן השמיים וחרב האדם המכה באחיו בארץ, הוא שמוביל לתוצאה הקשה החותמת את הפסוק: וְרַבּוּ חַלְלֵי ה' [מלבי"ם].