באחרית הימים, בעת שבה ייעשה משפט צדק היסטורי, ה' יבוא חשבון עם אומות העולם על סבלם של ישראל וישיב להם כגמולם. המילה וְנִקֵּיתִי נגזרת מלשון נקי וברור [מצודת ציון], ובהקשר זה משמעותה ניקוי מעוון, כפרה, או פירעון חוב של נקמה.
הגישה המרכזית בקרב הפרשנים מזהה בפסוק הבחנה ברורה בין סוגי הפשעים שביצעו האומות. ייתכן שה' ינקה ויסלח לגויים על עבירות שונות ועל רעות כלליות שעשו [רש"י, ביאור שטיינזלץ]. כך, למשל, עוון גזל הכסף והזהב של ישראל ינוקה, שכן לעתיד לבוא ישראל עתידים לקחת את רכוש האומות בחזרה כשלל [רד"ק, מצודת דוד]. לעומת זאת, על דָּמָם של בני יהודה שנשפך, ובפרט אלו שנהרגו על קידוש השם [ביאור שטיינזלץ], נאמר לֹא־נִקֵּיתִי. על עוון שפיכות הדמים לא תהיה כפרה ולא יועיל כל כופר ממון. העוון ינוקה אך ורק בענישה של נפש תחת נפש, בין אם מידי הרוצחים עצמם ובין אם מזרעם אחריהם [רד"ק, מצודת דוד].
גישה נוספת מפרשת את הפסוק על רקע היקף העמים שיישפטו לעתיד לבוא. ה' מתואר כמי שנושא עליו חוב לנקום את דם ישראל. בעוד שחלק מהאומות ייענשו במלחמת גוג ומגוג, ישנם עמים נוספים ששפכו דם וטרם באו על עונשם. הפסוק מבטיח שבעתיד ה' ינקה ויפרע גם את חוב הדמים של אותן אומות שטרם נשפטו [מלבי"ם].
הבטחות אלו יתממשו בעת שבה וַה' שֹׁכֵן בְּצִיּוֹן. חתימת הפסוק מתארת את ימות המשיח, אז תשוב השכינה לשכון בציון לעולמי עד, בדומה לישיבתה הנצחית של יהודה [רד"ק]. נוכחות אלוהית זו אינה רק סמל למלכות ולעשיית משפט [רש"י, ביאור שטיינזלץ], אלא גם הבטחה להגנה מוחלטת. ישראל לא יצטרכו לחשוש מכך שהאומות, בראותן שנגזר דינן לאבדון, ינסו לצאת למסע הרג אחרון מתוך ייאוש, שכן ה' ישכון בתוכם ויגן עליהם מכל משמר [מצודת דוד].