תהליך הכפרה על חטאו של הכהן המשיח חורג מן השגרה של שאר הקרבנות. בעוד שבדרך כלל דם החטאת ניתן על המזבח החיצון שבעזרה, כאן מוכנס הדם אל תוך הקודש פנימה. מהלך זה משקף את מעמדו הייחודי של הכהן הגדול, ששגגתו חמורה ונחשבת כזדון, ולכן כפרתו דורשת כניסה אל המרחב המקודש ביותר [פענח רזא, קיצור בעל הטורים].
הציווי וְנָתַן הַכֹּהֵן מִן הַדָּם מלמד כי הכהן נדרש לטבול את אצבעו בדם שבמזרק מחדש לקראת כל נתינה ונתינה, ואינו יכול להסתפק בטבילה אחת לכל ההזאות [מלבי"ם, רד"צ הופמן]. הדם ניתן עַל קַרְנוֹת, שהן הבליטות המרובעות המזדקרות מראש המזבח בכל ארבע זוויותיו [הכתב והקבלה], ועל הכהן לתת מתנה אחת על כל אחת מארבע הקרנות [רלב"ג, ביאור יש"ר, אדרת אליהו].
המזבח שעליו מתבצעת הפעולה מוגדר כמִזְבַּח קְטֹרֶת הַסַּמִּים. רוב הפרשנים מציינים כי מזבח הזהב הפנימי נועד בימי השגרה להקטרת קטורת בלבד, ורק פעם בשנה, ביום הכיפורים, ניתן עליו דם. חריג נוסף לכך הוא חטאתו של הכהן הגדול [ביאור שטיינזלץ, ביאור יש"ר]. הוספת המילים "קטורת הסמים" נועדה ללמד שאין המזבח כשר להזאת הדם אלא אם כן נחנך קודם לכן בהקטרת קטורת של ציבור, המורכבת מכל סממניה המדויקים, ולא בקטורת חסרה או קטורת יחיד [מלבי"ם, אדרת אליהו, רד"צ הופמן].
מיקום הפעולה מתואר במילים לִפְנֵי ה'. בעוד שניתן היה להבין כי ההזאות עצמן נעשות לפני ה' משום שהמזבח סמוך לקודש הקודשים [רלב"ג], הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שביטוי זה בא לדייק את מקום עמידתו של הכהן. בניגוד לעבודת יום הכיפורים, שבה הכהן עומד "לפנים מן המזבח" (בין המזבח לפרוכת), כאן המזבח הוא זה שנמצא "לפני ה'", ואילו הכהן עומד מחוץ למזבח, כאשר המזבח חוצץ בינו לבין הפרוכת [אור החיים, תורה תמימה, חזקוני, רד"צ הופמן]. התנאי להזאה הוא שהיא תיעשה אֲשֶׁר בְּאֹהֶל מוֹעֵד, ומכאן נלמד שאם נפחתה תקרת ההיכל והמבנה אינו שלם, אין למקום דין "אוהל" והכהן אינו רשאי להזות את הדם [תורה תמימה, אדרת אליהו, מלבי"ם].
לאחר סיום הפעולות בהיכל, הכתוב מורה: וְאֵת כָּל דַּם הַפָּר יִשְׁפֹּךְ. הפרשנים מסכימים כי אין הכוונה לכל דמו של הפר ממש, שהרי חלקו כבר הוקרב, אלא ל"שירי הדם" – הכמות ההגונה שנותרה במזרק לאחר ההזאות [רש"י, ביאור יש"ר, שטיינזלץ]. עם זאת, המילה "כל" מלמדת שבתחילת העבודה, על השוחט לקבל אל תוך הכלי את כל הדם היוצא מן הפר [מזרחי, שפתי חכמים, תורה תמימה]. חזרת הכתוב על המילה "הפר" באה לרבות גם את פר יום הכיפורים, שגם את שירי דמו יש לשפוך באותו האופן [תורה תמימה, אדרת אליהו, רד"צ הופמן].
פעולת ריקון הדם מוגדרת במילה יִשְׁפֹּךְ, המורה על שפיכה מתוך הכלי מלמעלה למטה, כזרם מצומצם ומדויק, להבדיל מ"זריקה" שנעשית מרחוק או מלמטה למעלה, ולהבדיל מ"הזאה" או "נתינה" שנעשות באצבע [מלבי"ם, פרדס יוסף, תורה תמימה, אדרת אליהו]. השפיכה נעשית אֶל יְסוֹד מִזְבַּח הָעֹלָה. ציון מפורש זה של מזבח העולה (המזבח החיצון) מלמד שלמזבח הפנימי שעליו הוזה הדם קודם לכן, כלל אין יסוד [תורה תמימה, אדרת אליהו, רד"צ הופמן]. הדם נשפך אל אותו חלק של היסוד אֲשֶׁר פֶּתַח אֹהֶל מוֹעֵד, והפרשנים מסבירים כי מדובר ביסוד המערבי של המזבח החיצון. סיבת הדבר היא שזהו הצד הפונה אל פתח ההיכל, והוא המקום הראשון שהכהן פוגש בצאתו מן הקודש החוצה, ועל כן מבצע את השפיכה מיד כשהוא מגיע אליו כדי שלא להחמיץ את ביצוע המצווה בהזדמנות הראשונה [רלב"ג, תורה תמימה, ביאור יש"ר, אדרת אליהו, רד"צ הופמן].