לאחר פירוט מנהיגי הכהונה בימי יהושע הכהן הגדול, המוקד ההיסטורי עובר לדור הבא של הנהגת הכהנים. וּבִימֵי יוֹיָקִים: בתקופה שבה כיהן יויקים בנו של יהושע ככהן גדול [רש"י, רלב"ג, ביאור שטיינזלץ], התמנו ראשים חדשים לבתי האב של הכהנים [מלבי"ם].
הרישום מתאר את חילופי הגברי במשמרות הכהונה. לִשְׂרָיָה מְרָיָה: למשמרת או למשפחת שריה, שחי בדור הראשון של העולים, התמנה מריה להיות ראש בית האב. בדומה לכך, לְיִרְמְיָה חֲנַנְיָה – למשמרת ירמיה מונה חנניה, וכן הלאה [רש"י, מצודת דוד, ביאור שטיינזלץ]. גישה שונה מעט מציעה כי האות למ"ד במילים אלו מצביעה על היררכיה גרידא, כלומר ששריה היה ממונה על מריה או להפך [אבן עזרא].
מאפיין בולט של רשימה זו הוא חסרונן של חלק מעשרים וארבע משמרות הכהונה המוכרות, כגון משמרת חטוש. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהמקרא פשוט לא דקדק למנות את כל המשמרות והשמות במדויק [רש"י, מצודת דוד]. עם זאת, יש המציעים הסברים היסטוריים ומעשיים לחוסר זה. ייתכן שמשמרות מסוימות התאחדו, או שמנהיג אחד הופקד על שתי משמרות במקביל [רלב"ג, מצודת דוד]. אפשרות נוספת היא שחלק מראשי האבות מהדור הקודם היו עדיין בחיים והמשיכו להחזיק בתפקידם גם בימי יויקים, ולכן לא הוזכר להם מחליף חדש [מלבי"ם].
חילופי ההנהגה הללו שופכים אור על קושי כרונולוגי העולה בהמשך הספר. במעמד כריתת האמנה, המתואר בפרק י', חתומים שמותיהם של ראשי האבות מהדור הקודם, אף על פי שבאותה עת כבר כיהן אלישיב ככהן גדול. הדבר מוסבר בשתי דרכים: או שמעמד זה התרחש מוקדם יותר, עוד בתחילת ימי כורש, או שראשי האבות הוותיקים לא נפטרו אלא רק פרשו מתפקידם הפעיל מפאת זקנתם. מכיוון שנותרו אנשים נכבדים וחשובים יותר מהדור הצעיר, הם אלו שזכו לחתום על האמנה [מלבי"ם].