רישום הנהגת המקדש עובר לשלב היסטורי מאוחר יותר, ואינו עוסק עוד בימי העלייה הראשונה לארץ. הכתוב מתעד את שושלת ההנהגה של הלוויים והכוהנים לאורך מספר דורות של כוהנים גדולים: אלישיב, בנו יוידע, בנו יוחנן (הוא יונתן, שהיה מוכר בשני שמות) ובנו ידוע [ביאור שטיינזלץ, מצודת דוד].
הדגש על הַלְוִיִּם בִּימֵי אֶלְיָשִׁיב נובע מכך שבתקופה שקדמה לו לא התחלפו ראשי האבות של הלוויים, משום שרובם עלו לארץ רק מאוחר יותר עם עזרא. לכן, רק בימי אלישיב החלו להשתנות ראשי המשפחות של הלוויים [מלבי"ם], והם אלו ששימשו כראשי בתי האבות במשמרות המקדש [רש"י].
מנהיגים אלו, הן הלוויים והן וְהַכֹּהֲנִים, היו כְּתוּבִים ורשומים בספר יוחסין רשמי. יש הסבורים כי ספר זה נעשה באותם ימים אך אבד ברבות השנים ואינו בידינו כיום [רלב"ג], ויש המפרשים כי הכתוב רומז לכך ששמותיהם מפורטים במקום אחר [מלבי"ם].
הרישום כולו התבצע עַל מַלְכוּת דָּרְיָוֶשׁ הַפָּרְסִי. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שזהו ציון זמן היסטורי, המקיף את התקופה הממושכת מימי אלישיב ועד ידוע. לעומת זאת, קיימת דעה המפרשת מילים אלו לא רק כציון זמן אלא כתיאור של סמכות שלטונית. לפי גישה זו, מינוי ראשי האבות נעשה על פי ציוויו הישיר של המלך דריוש, אף על פי שאותם מנהיגים לא היו בהכרח ראויים למעמד רם זה [מצודת דוד].