מסעות בני ישראל במדבר מעלים שאלות גאוגרפיות וכרונולוגיות מורכבות, במיוחד סביב תחנות שבהן התרחשו אירועים דרמטיים. התחנה במִדְבַּר צִן, המזוהה בכתוב כקָדֵשׁ, מהווה מוקד לדיון פרשני מעמיק בשאלת מיקומם של ניסי המדבר ורצף האירועים.
הגישה המרכזית [אם למקרא] מציעה תאוריה שלפיה אירוע הוצאת המים מן הסלע שאירע ברפידים (המוכרת גם כמסה ומריבה) והאירוע המקביל המיוחס לקָדֵשׁ, הם למעשה תיאורים של אותו אירוע היסטורי ואותו מקום פיזי.
כמה הוכחות עולות לתמיכה בתפיסה זו. ראשית, בעוד שברשימת המסעות מוזכר חוסר במים בתחנה אחרת, לגבי התחנה של מִדְבַּר צִן הִוא קָדֵשׁ הכתוב שותק ואינו מזכיר צמא. שתיקה זו עשויה לרמוז שלא מדובר בשני אירועי חוסר מים נפרדים. שנית, סוגיית מלחמת עמלק: אם נניח שרפידים ממוקמת בתחילת המסלול (קרוב למצרים) וקָדֵשׁ בסופו (קרוב לארץ ישראל), קשה להבין כיצד הגיעו העמלקים כל כך מהר עד לרפידים המרוחקת ממקום מושבם הטבעי. זיהוי רפידים עם קדש פותר קושי גאוגרפי זה, בניגוד לדעתם של חוקרים אחרים שניסו לדחוק ולטעון שמדובר בשני מקומות שונים בקצוות מנוגדים של המדבר.
יתרה מזאת, הכתוב קורא למקום קָדֵשׁ על שם המאורע שבו ה' התקדש לעיני העם בבקיעת המים ("ויקדש בם"), והתורה עצמה מזהה את מי קדש עם "מי מריבה" – בדיוק אותו שם שניתן לרפידים. גם בספרי תהילים ונחמיה מוזכרת היסטורית רק הוצאת מים אחת מן הסלע. קושי נוסף שבא על פתרונו הוא הציווי האלוהי: אילו היה מדובר בשני אירועים שונים, היה מצופה שה' או משה יזכירו בקדש את הנס המקביל שכבר נעשה ברפידים, או שתינתן סיבה מדוע בפעם הראשונה הותר להכות בסלע ובשנייה נדרש רק דיבור.
כדי ליישב את העובדה שרפידים מוזכרת בתחילת המסע ממצרים ואילו קָדֵשׁ בסופו, מוסבר כי בני ישראל שהו במקום זה פעמיים. השם קָדֵשׁ מתאר מחוז שלם, ובני ישראל הגיעו אליו סמוך ליציאת מצרים, שהו בו שנים רבות, נדדו, וחזרו אליו שוב לקראת הכניסה לארץ.