המסע במדבר מביא את בני ישראל לנקודת ציון משמעותית המאופיינת במשבר פיזי ורוחני עמוק. רשימת המסעות נוטה לרוב לתעד רק את שמות המקומות, אך כאן התורה חורגת ממנהגה ומציינת במפורש את המחסור במים.
הפרשנים מסבירים כי ציון העובדה שוְלֹא הָיָה שָׁם מַיִם בא ללמד על שינוי דרמטי במצבם של בני ישראל. עד הגעתם לתחנה זו, בכל המקומות שבהם חנו מאז שעזבו את אילם, הם מצאו מים לשתייה. רפידים הייתה המקום הראשון שבו נאלצו להתמודד עם יובש מוחלט, מה שסימן את תחילתה של אימת המדבר הצחיח האמיתי (רלב"ג, רש"ר הירש). המחסור היה כה חמור, עד שלא נותרו מים אפילו בכלים שנשאו עמם (שפתי כהן).
הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהתורה בחרה להזכיר את המחסור במים דווקא כאן – תוך השמטת ניסים אחרים כמו נס המים במרה או ירידת המן במדבר סין – משום שרפידים נחרתה בזיכרון הלאומי כאירוע מכונן. זהו המקום שבו העם ניסה את ה׳, המקום שנקרא מאוחר יותר "מסה ומריבה", בו התרחש הנס הגלוי של הוצאת מים מהסלע, ושבו הותקפו מיד לאחר מכן במלחמת עמלק.
לצד המציאות הפיזית, יש המצביעים על רובד רוחני עמוק המסתתר מאחורי החניה ברְפִידִם. עולה השאלה: הרי הבאר הנסית הייתה אמורה ללוות את העם במסעותיו, ומדוע נעלמה דווקא שם? התשובה נעוצה בקשר שבין רוחניות לגשמיות, כאשר המים משמשים כסמל לתורה. שמו של המקום, רפידים, רומז לכך שבני ישראל הרפו את ידיהם מן התורה. כל עוד עסק העם במים הרוחניים המזינים את הנשמה, התגלגלה עמם גם הבאר הגשמית שסיפקה את צורכי הגוף. ברגע שהתרפו מן העיסוק הרוחני, נכסו מהם גם המים הפיזיים (שפתי כהן).