הכניסה לארץ ישראל מלווה באקט עמוק של הודיה וחידוש הברית. בניית מזבח היא המצווה הראשונה שעל העם לקיים מיד עם בואם, כביטוי של תודה לה' על השגת המטרה והגשמת הכיסופים רבי השנים לרשת את הארץ [ביאור יש"ר].
המזבח נבנה דווקא בהר עיבל, בחירה הנושאת משמעות סמלית כפולה. מצד אחד, הר עיבל הוא ההר הקירח והצחיח שעליו נאמרו הקללות. מיקום זה מלמד כי קיום התורה וההתעלות הרוחנית אינם תלויים בתנאים גשמיים פורחים; גם הקרקע הדלה ביותר ראויה להפוך למקום של קרבה לה' ולשמחה [רש"ר הירש]. מצד שני, מיקום המזבח נועד לעודד ולנחם את השבטים שעמדו על הר עיבל, כדי שלא תורע דעתם. נוכחות המזבח, זבחי השלמים, השמחה והשכינה דווקא בחלקם, העניקה להם תמיכה רוחנית [בכור שור].
הציווי וּבָנִיתָ שָּׁם מִזְבֵּחַ מהווה המשך ישיר למעמד הר סיני. כשם שבסיני הפכו ישראל לעם ה' דרך קורבנות ושמחה, כך בהר עיבל נכרתת ברית בדרגה נוספת – ייעוד של "ברית עם" שמטרתו להפיץ את האמונה באל אחד ולעקור את עבודת האלילים מכלל האומות. מעמד זה, שלוּוה בכתיבת התורה בשבעים לשון, מסמל את תחילת גילוי כבוד ה' לארץ כולה [העמק דבר].
הפרשנים עומדים על ההבחנה בין סוגי האבנים שהוצבו במקום. הגישה המרכזית היא שמִזְבַּח אֲבָנִים נבנה מאבנים אחרות ונפרדות מאלו שעליהן נכתבה התורה. בעוד שאבני התורה סוידו בסיד כדי לשמר את הכתוב באופן מוחלט, בדומה לבור מסויד שאינו מאבד טיפה [חתם סופר], אבני המזבח נועדו להקרבת קורבנות ולסעודת השמחה המלווה את כריתת הברית [שד"ל, מלבי"ם]. עם זאת, קיימת דעה בתלמוד הירושלמי שלפיה התורה נכתבה על אבני המזבח עצמן, אך הגישה הרווחת מפרידה בין השתיים [שד"ל].
הפרדה זו מתחדדת דרך הציווי לֹא תָנִיף עֲלֵיהֶם בַּרְזֶל. אבני הזיכרון שעליהן נכתבה התורה סותתו בכלים מברזל כדי ששכבת הסיד ועומק האותיות יהיו אחידים ושלמים. לעומתן, על אבני המזבח נאסרה כל הנפת ברזל [מלבי"ם]. איסור זה נועד להבטיח שהמזבח ייבנה מאבנים שלמות לחלוטין. מכאן נלמדת ההלכה כי מגע של ברזל פוסל את אבני המזבח, ואף פגימה או שבר קל באבן, גם ללא מגע ברזל, פוסלים אותה משימוש [חזקוני].