גזירתו החשאית של פרעה על המיילדות חושפת שלב חדש וערמומי בניסיון לדכא את עם ישראל, מעבר מעבודת פרך גלויה לרצח מוסווה ולטמיעה תרבותית. פנייתו הישירה של המלך אל המיילדות נועדה להחניף להן ולפתותן לשתף פעולה, והוא הציג את דבריו כעצה חשאית ולא כצו מלכותי פומבי, מתוך בושה או חשש ממרד [מלבי"ם, אדרת אליהו].
הציווי מתחיל במילים בְּיַלֶּדְכֶן אֶת הָעִבְרִיּוֹת, כלומר בעת הגשת העזרה בלידה לנשים מהאמונה או מהמשפחה העברית [אבן עזרא, רש"י, ביאור יש"ר]. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהמילה הָאָבְנָיִם מתארת את מושב האישה היולדת, המכונה גם "משבר". חלק מהמפרשים מוצאים דמיון בין מושב זה לאובניים של יוצר כלי חרס, שכן האישה יושבת כשירכיה משני הצדדים והוולד באמצע [רשב"ם, בעל הטורים, תורה תמימה]. הקשר זה מקבל רובד נוסף לאור האמונה המצרית הקדומה, לפיה האל היה יוצר את בני האדם על גבי אובניים של קדרות [קאסוטו]. מפרשים אחרים מסבירים את המושג באופן פיזיולוגי, ומציינים שבעת הלידה ירכיה של היולדת מצטננות ונעשות קרות כאבנים [בעל הטורים, תורה תמימה, צאינה וראינה], או שהמילה נגזרת מהשורש של המילה "בנים" [אבן עזרא, תולדות יצחק]. דעה נוספת גורסת כי מדובר בשתי אבנים ממשיות שעליהן היו רוחצים את הרך הנולד [שד"ל].
הוראתו של פרעה, אִם בֵּן הוּא וַהֲמִתֶּן אֹתוֹ, דרשה ביצוע מדויק וחרישי. המטרה הייתה להמית את הזכרים בסתר, ברגע היציאה לאוויר העולם וטרם שהתינוק יספיק לבכות, כך שהיולדת תחשוב שהוולד נולד מת ולא תחשוד במיילדת [אור החיים, רלב"ג, בכור שור]. כדי לייעל את התהליך, מסר להן פרעה סימנים מוקדמים לזיהוי מין העובר טרם יציאתו המלאה, כגון תנוחת הפנים של התינוק או חום גופה של האם [חזקוני, הדר זקנים]. פעולה מוקדמת זו נועדה גם להקל על מצפונן של המיילדות, שכן המתת העובר לפני שיצא ראשו במלואו נחשבה לפעולה קלה יותר מבחינה חוקית שאינה מוגדרת כרצח מובהק [תורה תמימה]. ההמתה עצמה יכלה להיעשות על ידי פעולה קלה ובלתי מורגשת, או פשוט על ידי הימנעות מהגשת עזרה רפואית לתינוק [העמק דבר].
ההתמקדות בזכרים בלבד מעוררת תמיהה, שכן אם מטרת פרעה הייתה רק למנוע את התרבות העם, היה עליו להרוג את הנקבות, שהרי זכר אחד יכול לעבר נשים רבות. משום כך, מסכימים פרשנים רבים כי הגזירה נבעה מתחזית של אצטגניני פרעה, שראו בכוכבים שעתיד להיוולד מושיע זכר לישראל [רש"י, מזרחי, גור אריה, חומש קה"ת]. סיבה נוספת היא שהזכרים הם אלו שיוצאים להילחם, ופרעה חשש מהצטרפותם לאויבי מצרים במקרה של מלחמה [חזקוני].
לגבי הנקבות, ההוראה וְאִם בַּת הִיא וָחָיָה (כלומר, ותחיה) טומנת בחובה מניעים נסתרים. ראשית, פרעה הבין שאם כל התינוקות ימותו, הנשים העבריות יפסיקו לקרוא למיילדות. השארת הבנות בחיים נועדה לשמר את התקווה אצל היולדות ולמנוע מהן לחשוד במזימה [אור החיים, אדרת אליהו]. שנית, וזוהי ליבת התוכנית, פרעה תכנן להביא לטמיעה מוחלטת של עם ישראל. ללא גברים עבריים, הבנות שיישארו בחיים ייאלצו להינשא לגברים מצריים, וכך יימחק שמו של העם ותיפגם קדושתו [אור החיים, ביאור יש"ר, שטיינזלץ, חומש קה"ת]. בנוסף, יצירת חוסר איזון דמוגרפי קיצוני שבו יש נשים רבות ומעט גברים, נועדה לזרוע קנאה, תחרות ומחלוקת פנימית בתוך המשפחות העבריות, ובכך להחליש את העם מבפנים [אדרת אליהו]. עם זאת, הציווי כלפי הבנות לא דרש מהמיילדות להתאמץ להחיותן, אלא פשוט להניח להן לחיות את חייהן בדרך הטבע [העמק דבר].