לאחר ימים של צימאון במדבר, בני ישראל מגיעים אל מקור מים, אך תקוותם נכזבת מיד כאשר מתברר שהמים אינם ראויים לשתייה. רגע משברי זה אינו רק אירוע פיזי של חיפוש אחר מים, אלא נקודת מבחן רוחנית ופסיכולוגית משמעותית בתהליך עיצובו של העם לקראת קבלת התורה.
מבחינה לשונית, המילה מָרָתָה מורכבת. האות ה"א בסופה משמשת לציון כיוון, כלומר "למרה", ובאה במקום האות למ"ד שהייתה אמורה להיות בתחילת המילה. האות תי"ו מחליפה את הה"א השורשית של המילה "מרה" בשל סמיכות האותיות, שכן מבחינה פונטית קשה להגות שתי אותיות ה"א רצופות [רש"י, גור אריה].
הפרשנים נחלקו בשאלת טבעו של המקום וזמן מתן השם. מבחינה גיאוגרפית, יש המזהים את המקום עם "ביר הוארה", אזור המרוחק מהלך שלושת ימים מים סוף ומוכר במימיו המלוחים והמרים [שד"ל, קאסוטו], ויש המשערים כי מדובר באגם מים סמוך לנילוס [ביאור שטיינזלץ]. גישה אחת גורסת כי שם המקום הכללי היה תמיד "מרה", אך המעיין עצמו קיבל את שמו רק כעת, בעקבות האירוע [אור החיים]. מנגד, יש הטוענים כי המים במקום היו במקורם מתוקים, והם נהפכו למרים באורח פלא רק באותו הרגע כדי לנסות את העם, ולכן השם "מרה" ניתן למקום מחדש [מלבי"ם]. הכתוב מדגיש כי עַל־כֵּ֥ן קָרָֽא־שְׁמָ֖הּ מָרָֽה - כלומר, קורא השם (בני האדם בכללותם) קרא למקום כך [אבן עזרא, קאסוטו]. ציון סיבת השם נועד להבהיר שהמקום נקרא על שם המים המרים, ולא משום שבני ישראל המרו את פי ה' והתלוננו [הכתב והקבלה].
החוויה הפיזית של העם מתוארת במילים וְלֹ֣א יָֽכְל֗וּ לִשְׁתֹּ֥ת. לאחר שראו מים וביקשו לשתות כדי להתענג ולהרוות את צמאונם, המפגש עם המרירות שבר את יכולת האיפוק שלהם [העמק דבר]. חוסר היכולת לשתות מהמים מזכיר במידה רבה את חוסר יכולתם של המצרים לשתות ממימי היאור במכת דם, ובכך טמון לקח חינוכי ואלוהי [קאסוטו].
רובד עמוק יותר של הפירוש מתמקד בביטוי כִּ֥י מָרִ֖ים הֵ֑ם. גישה פסיכולוגית וחסידית מפרשת שהמילה "הם" אינה מתייחסת בהכרח למים, אלא לבני ישראל עצמם. כאשר האדם מלא במרירות פנימית, כל מה שהוא חווה נטעם כמריר. רק כאשר העם עצמו עבר תהליך של המתקה פנימית, גם המים הפכו למתוקים עבורם [חומש קה"ת].
הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שאירוע זה נועד להוות מבחן רוחני והכנה לקבלת התורה. חוליי הנפש והאמונות הפסולות שדבקו בישראל במצרים דרשו ריפוי. בדומה לתרופות פיזיות שפעמים רבות עשויות מעשבים מרים, כך גם התורה והמצוות עשויות להיראות בתחילה קשות ומרות, אך סופן מתוק ומרפא. ה' רצה להראות לעם כיצד דבר מר יכול לרפא ולהמתיק דבר מר אחר, כדי שיבינו שהתורה תרפא את מרירות נפשם [כלי יקר]. בנוסף, המים המרים שימשו כמעין מבחן טהרה; העובדה שישראל לא יכלו לסבול את טעם המים הוכיחה כי המרירות והטומאה של מצרים כבר אינן טבועות בהם, והם אכן מוכנים וראויים לקבל את חוקי ה' [צרור המור]. יש אף שראו במרירות זו רמז לתורה שבעל פה, שלעיתים נראית "מרה" וקשה בתחילת הלימוד בשל ריבוי הדינים, האיסורים והכללים המורכבים [שפתי כהן].