תהליך הסתלקותו של כבוד ה' מירושלים מתקדם שלב נוסף, בו הוא עוזב את תחומי העיר. המילה וַיַּעַל מבטאת הסתלקות [מצודת ציון, מצודת דוד]. לאחר שכבוד ה' נסע משער המקדש אל העיר, כעת הוא מסתלק ממנה לחלוטין בדרכו לשוב למקומו שבשמיים [רד"ק]. מהלך זה מהווה את המסע השלישי בסדרת מסעות ההסתלקות של השכינה [רש"י].
התיאור מֵעַל תּוֹךְ הָעִיר מלמד שכבוד ה' לא נע על הקרקע, אלא נראה מרחף ומוגבה מעל הארץ [רד"ק]. משם הוא עובר לתחנה הבאה ושוהה עַל הָהָר אֲשֶׁר מִקֶּדֶם לָעִיר. כלל הפרשנים מסכימים כי הר זה, הניצב ממזרח לעיר ירושלים, הוא הר הזיתים. זיהוי זה נשען גם על מסורת התרגום הארמי הקדום [רד"ק].