מתוך השטח הגדול המופרש לנחלת הקודש, מוקצה אזור מרכזי המיועד להר הבית. הפרשנים מסכימים כי המילים יִהְיֶה מִזֶּה אֶל הַקֹּדֶשׁ מציינות את השטח שיילקח מתוך כלל התרומה לטובת המקדש, כאשר שאר השטח הנותר מיועד לבניית בתים עבור הכהנים [רש"י].
מידותיו של השטח המקודש מוגדרות כחֲמֵשׁ מֵאוֹת בַּחֲמֵשׁ מֵאוֹת מְרֻבַּע סָבִיב. יחידת המידה של שטח זה היא קנים [רש"י, מלבי"ם]. כדי להבין את מיקומו של הר הבית בתוך כלל השטח, [רד"ק] עורך חישוב גיאוגרפי ומבאר כי מתוך השטח הכולל נותרו ממזרח וממערב להר הבית שנים עשר אלף ומאתיים חמישים מידות לכל כיוון, ואילו מצפון ומדרום נותרו ארבעת אלפים ושבע מאות חמישים מידות לכל כיוון. באשר לקריאת המילה מְרֻבַּע, ישנה הערה מסורתית ולפיה בכתבי יד ודפוסים ישנים האות בי"ת מנוקדת בפתח [מנחת שי].
את חומת הר הבית מקיף שטח נוסף, המוגדר במילים וַחֲמִשִּׁים אַמָּה מִגְרָשׁ לוֹ סָבִיב. הפרשנים מסבירים כי המילה מִגְרָשׁ מתארת שטח פתוח ומקום פנוי לחלוטין, ללא כל זריעה או אילנות [מצודת ציון]. שטח ריק זה משתרע ברוחב של חמישים אמה ומקיף את אזור המקדש מכל ארבעת כיווניו [מצודת דוד, מלבי"ם, ביאור שטיינזלץ].