בריאת גן עדן אינה רק תיאור של מרחב פיזי, אלא הצגת המקום שבו מתעצבת מהותו הרוחנית והקיומית של האדם. כאשר נאמר וַיַּצְמַח ה' אֱלֹהִים מִן הָאֲדָמָה, הכתוב אינו חוזר על בריאת הצומח הכללית שכבר התרחשה בימי הבריאה, אלא מתמקד באדמת הגן עצמה. ה' פעל כגנן הבוחר מינים קיימים ושותל אילנות מובחרים וייחודיים במקום המיועד לאדם, או לחלופין, הצמיח אותם בהדרגה כדי שהאדם יהיה שותף פעיל בשמירתם ובעיבודם [רש"י, רד"ק, קאסוטו, העמק דבר].
העצים בגן מתוארים ככָּל עֵץ נֶחְמָד לְמַרְאֶה וְטוֹב לְמַאֲכָל. רוב הפרשנים מציינים כי ה' העניק לאדם שפע עצום של עצים יפים וטעימים כדי לספק את כל צרכיו מתוך חסד, וכדי להראות שאין הוא אוסר דבר מבלי לספק לו תמורה הולמת ורחבה, כך שהאדם לא היה זקוק כלל לעץ האסור [רב סעדיה גאון]. יש המדגישים את הסדר הפנימי בפסוק: הכתוב מקדים את היופי והאסתטיקה ("נחמד למראה") לסיפוק הצורך הפיזי ("טוב למאכל"), ללמדנו שההנאה מן היופי שומרת על האדם משקיעה בחומריות גסה, ומהווה גשר לקבלת שפע שכלי ואל היופי המוסרי והרוחני [רש"ר הירש, אדרת אליהו, ספורנו]. העצים הללו היו משונים לטובה מכל מאכל בעולם, ופירותיהם שמורים לעתיד לבוא [רד"ק].
במוקד הגן ניצבים שני עצים ייחודיים. וְעֵץ הַחַיִּים מתואר על ידי רוב הפרשנים כעץ פלאי שפריו, או אפילו קורת העץ עצמה, מעניקים חיים נצחיים, מחדשים את לחות הגוף ומונעים את הזדקנותו של האוכל מהם [רמב"ן, רד"ק, מלבי"ם, קאסוטו]. מנגד, פרשנים אחרים רואים בעץ החיים סמל לתורה או להשגה השכלית העליונה, המעניקה חיים רוחניים ונצחיים למי שמחזיק בה ולומד אותה [הכתב והקבלה, רלב"ג].
מיקומם של העצים מתואר במילים בְּתוֹךְ הַגָּן. בעוד שיש הסבורים כי משמעות המילה היא פשוט בתוך שטח הגן [אבן עזרא, שד"ל], הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהכוונה לאמצע המדויק של הגן. מאחר ששני העצים מתוארים כנמצאים בתווך, עולה השאלה כיצד שניהם חולקים את אותו מרכז. יש המסבירים כי מרכז הגן היה שטח רחב ובו ערוגה המכילה את שניהם [רמב"ן, ביאור יש"ר], יש המציעים שעץ הדעת הקיף בענפיו את עץ החיים כך שלא היה ניתן לגשת אליו ישירות [הטור הארוך], ויש המפרשים כי שני העצים היו מחוברים בגזע אחד מלמטה ונפרדו לענפים שונים מלמעלה [רבנו בחיי]. גישה נוספת גורסת כי "בתוך הגן" אינו תיאור גיאוגרפי, אלא מהותי – עץ המסמל את מהותו הפנימית של הגן, שבו אין שלטון למוות בדרך הטבע [קונטרס חיבה יתירה].
העץ השני הוא וְעֵץ הַדַּעַת טוֹב וָרָע. מבחינה לשונית, המילה "הדעת" משמשת כאן כפועל או כמקרא קצר, שמשמעותו עץ המביא לידיעת טוב ורע [אבן עזרא, הכתב והקבלה, רד"ק]. מהותה של "ידיעה" זו עומדת במוקד מחלוקת פרשנית עמוקה המשקפת תפיסות שונות על טבע האדם:
גישה אחת גורסת כי לפני החטא, האדם פעל מתוך טבע שכלי וטהור, בדומה למלאכים או לגרמי השמים הפועלים באמת וביושר ללא יצר או תאווה. המילה "דעת" בהקשר זה פירושה רצון ובחירה. אכילת הפרי הולידה באדם את הבחירה החופשית ואת התשוקה, ובכך הכניסה אותו לעולם של מאבקים פנימיים [רמב"ן, רבנו בחיי].
גישה שניה חולקת וטוענת כי לא ייתכן שהאדם נברא ללא בחירה חופשית או ללא הכרת הטוב והרע המוסריים, שהרי ללא אלו לא היה טעם בציווי האלוהי. לפיכך, העץ לא נועד להעניק שכל, אלא שימש כמבחן מעשי: האם האדם יגדיר מהו "טוב" ומהו "רע" על סמך רצונו של ה', או שמא יכנע לחושיו, לדמיונו ולתאוותיו שיקבעו עבורו מה נעים ומה מגונה [רש"ר הירש, מלבי"ם, ספורנו].
גישה שלישית מציעה כי "טוב ורע" משמעותו ידיעה אובייקטיבית וכוללת של כל דבר בעולם. האדם נברא תמים כילד שאינו יודע דאגות, והאכילה מהעץ פקחה את עיניו להכרת העולם על כל סכנותיו וצרותיו, ושללה ממנו את התמימות [קאסוטו, ביאור יש"ר]. בנוסף, יש הרואים בעץ הדעת סמל לעיסוק בחקירה פילוסופית חיצונית המבלבלת את האדם, לעומת האמונה התמימה והישרה המיוצגת בעץ החיים [אלשיך].
מעניין לציין כי ה' לא אסר על האדם מלכתחילה לאכול מעץ החיים. יש המסבירים זאת בכך שעץ החיים לא היה נחמד למראה ולא הניב פירות, אלא העץ עצמו היה נאכל וטעמו כטעם פרי. לכן, כל עוד האדם היה בתמימותו, הוא לא נמשך אליו באופן טבעי כי לא הבין את תועלתו. רק לאחר שאכל מעץ הדעת והחכים, התעורר החשש שיבין בשכלו את סגולתו של עץ החיים ויאכל ממנו כדי לחיות לעולם, ולכן גורש מן הגן [כלי יקר]. אחרים סוברים כי עץ הדעת היה אסור רק זמנית עד כניסת השבת, שאז האדם היה מקבל נשמה יתרה ויכול היה לאכול ממנו מתוך קדושה מבלי להיפגע [חתם סופר].