חתימת מעשה בראשית אינה מסתכמת רק בסיום העבודה האלוהית, אלא בהכתרת יום מיוחד המשמש כיסוד ותכלית לבריאה כולה. יום זה אינו נבדל משאר הימים בטבעו הפיזי, אלא במהות הרוחנית שהוצקה לתוכו, המהווה עדות לכך שהעולם אינו קדמון אלא נברא יש מאין על ידי בורא מכוון.
התורה מתארת שה' העניק ליום זה שתי מתנות: וַיְבָרֶךְ וכן וַיְקַדֵּשׁ. הגישה המרכזית בקרב חז"ל, המובאת על ידי פרשנים רבים [רש"י, רמב"ן, רד"ק, חזקוני, תורה תמימה], קושרת מונחים אלו להורדת המן במדבר, כרמז לעתיד: הברכה התבטאה בכך שביום השישי ירדה כמות כפולה של מן, והקידוש התבטא בכך שבשבת לא ירד מן כלל. יש המוסיפים כי הברכה התבטאה גם בכך שהמן לא הבאיש והסריח בשבת לעומת ימי החול [שפתי חכמים, יריעות שלמה], או בכך שהכמות הספיקה לשלוש סעודות [אור החיים, דברי דוד].
אולם, פרשנים אחרים מתקשים לקבל שהפסוק מתייחס רק לאירוע עתידי וזמני, ומפרשים את הדברים על טבעו של היום עצמו. לשיטתם, וַיְבָרֶךְ משמעו תוספת טובה ושפע. ברכה זו מתבטאת בהענקת כוח התחדשות ופריון לגופים הפיזיים, ובהענקת "נפש יתרה" וכוח שכל והכרה לנשמה [אבן עזרא, רמב"ן, ספורנו, הכתב והקבלה, שד"ל]. דעה נוספת גורסת כי הברכה הייתה באור הראשון של מעשה בראשית, שהמשיך להאיר ברציפות במשך שלושים ושש שעות, כולל יום השבת, ולכן לא נאמר ביום זה "ויהי ערב ויהי בקר", שכן כולו היה אור [רבינו בחיי, ברטנורא, צאינה וראינה, הדר זקנים]. היעדר ציון הערב והבוקר מוסבר גם בכך שיום השבת הוא אחיד במהותו – כולו מנוחה וקדושה, ללא החלוקה הרגילה של יום למלאכה ולילה למנוחה [כלי יקר].
את המילה וַיְקַדֵּשׁ מסבירים הפרשנים כהבדלה והפרשה. ה' הבדיל את היום הזה משאר ימי החול בכך שאסר בו את המלאכה והועיד אותו להתבוננות, חכמה ועבודה רוחנית [אבן עזרא, שד"ל, רד"ק, רש"ר הירש]. השבת מהווה צינור הממשיך שפע וקיום לכל ששת ימי המעשה שאחריו; בלעדיו, העולם היה חוזר לתוהו ובוהו [אור החיים, רקנאטי]. יש המציינים כי הברכה והקידוש חלים ישירות על בני ישראל השומרים את היום [אבן עזרא בשם רב סעדיה גאון, אדרת אליהו].
הסיבה לברכה ולקדושה היא כִּי בוֹ שָׁבַת מִכָּל מְלַאכְתּוֹ. אין הכוונה למנוחה מעייפות, שכן ה' אינו מתעייף, אלא להפסקה ושביתה מיצירת דברים חדשים בטבע [חזקוני]. ה' שבת מבריאת היש מאין שאפיינה את תחילת הבריאה, וממלאכת העשייה והתיקון שאפיינה את שאר הימים [רמב"ן, שד"ל, קלי יקר]. עם זאת, שביתה זו חלה רק על סדרי הטבע הרגילים, אך ה' לא שבת מעשיית ניסים שהם מעל לטבע [תולדות יצחק].
סיום הפסוק, אֲשֶׁר בָּרָא אֱלֹהִים לַעֲשׂוֹת, מעורר דיון נרחב בשל הניסוח המורכב המשלב בריאה ועשייה. גישה אחת מסבירה שהמילה לַעֲשׂוֹת מכוונת לעתיד: ה' ברא את השורשים והמינים השונים בששת ימי המעשה, והעניק להם כוח להמשיך לפעול, להוליד ולהתרבות בכוחות עצמם מכאן ולהבא [אבן עזרא, רד"ק, הכתב והקבלה, הרא"ש, קאסוטו]. גישה רעיונית עמוקה יותר טוענת כי ה' ברא את העולם במכוון כשהוא חסר ובלתי מושלם, והותיר לאדם את התפקיד לַעֲשׂוֹת – להשלים את הבריאה, לתקן את העולם ולהיות שותף לאלוהים במעשה בראשית [רש"ר הירש, ביאור יש"ר, חב"ד].
מנגד, יש המפרשים כי מלאכות שהיו ראויות להיבראות ביום השבת, ה' מיהר וכפל את עשייתן כבר ביום השישי, כדי שלא לחלל את השבת [רש"י, רמב"ן, ריב"א]. במסגרת זו, מוזכר כי ה' ברא בערב שבת בין השמשות את נשמות המזיקים (השדים), אך שבת ממלאכתו בטרם הספיק לברוא להם גופים חומריים [טור הארוך, הדר זקנים, גור אריה].
מעבר למשמעות המיידית, הפרשנים רואים בפסוק זה רמז למבנה ההיסטוריה האנושית כולה. ששת ימי המעשה מסמלים ששת אלפים שנות היסטוריה של עמל, מאבק וגלויות, ואילו יום השבת מסמל את האלף השביעי, ימות המשיח והעולם הבא, שיהיה כולו שבת ומנוחה לחיי העולמים ותיקון רוחני שלם [רמב"ן, טור הארוך, רבינו בחיי, תולדות יצחק, רקנאטי, צאינה וראינה].