ברגע זה בהיסטוריה האנושית, מתחילה תקופת החינוך המוסרי של האדם. לאחר שנברא והונח בגן עדן, ניתנת לו לראשונה מערכת של חוקים וגבולות. הציווי אינו רק הוראה טכנית, אלא תנאי בסיסי לבחירה חופשית, שכן ללא היכולת לבחור ברע ולכבוש את היצר מפני רצון ה' – אין משמעות לחירותו המוסרית של האדם [רש"ר הירש]. יתרה מכך, הציווי מעיד על כך שהעולם נברא במכוון כשהוא חסר ובלתי מושלם, כדי שהאדם יהיה שותף פעיל בהשלמתו ובהבאתו לתכליתו [חומש קה"ת].
המילים וַיְצַו... עַל מעוררות דיון בקרב הפרשנים. רוב הפרשנים מסכימים כי כאשר פועל הציווי מופיע יחד עם המילה "על", הכוונה היא למצוות לא תעשה, כלומר לאזהרה ולהגבלת כוחו של האדם [אבן עזרא, שד"ל, מלבי"ם, רש"ר הירש]. עם זאת, יש המציינים כי לעיתים מבנה זה מורה על ציווי שהוא דווקא לטובתו ולתועלתו של המצווה [שד"ל, מחוקקי יהודה]. מעבר להגבלה, השורש צ.ו.ה מבטא גם זירוז ועידוד לשמור על ההוראה בקפדנות לדורות. יש בכך רמז למהותה של תורה שבעל פה, הדורשת שינון ושמירה מתמדת [העמק דבר, רש"ר הירש]. התוספת של המילה לֵאמֹר אינה מקרית; היא מלמדת שהאדם מונה לשליח כדי להעביר את האזהרה גם לחוה בת זוגו, ובכך הוא הופך לשומר החוק ומעבירו הלאה [אור החיים, אלשיך, אדרת אליהו].
מתחת לרובד הפשט של הפסוק, חכמים זיהו בו את המקור לשבע מצוות בני נח – חוקי היסוד המוסריים המחייבים את האנושות כולה (כמו איסור רציחה, גזל, עבודה זרה ועוד). הפרשנים מסבירים כי אין הכוונה שהפסוק עוסק בכך מילולית, שהרי לאדם הראשון טרם היה את מי לרצוח או ממי לגזול. במקום זאת, חז"ל השתמשו במילות הפסוק כסימן וציון דרך כדי לזכור חוקים אלו, שבלעדיהם צפויה החברה האנושית להרס [תורה תמימה]. עמוק מכך, איסור זה טומן בחובו את השורש לכל המצוות שבין אדם למקום ושבין אדם לחברו, שאילו לא היה חוטא בהן, האדם לא היה נזקק לאזהרות מפורשות בהמשך [מלבי"ם].
בטרם מגיע האיסור המפורסם על עץ הדעת, הפסוק פותח בהיתר רחב: מִכֹּל עֵץ הַגָּן אָכֹל תֹּאכֵל. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שזוהי דרכה של התורה – להקדים את ההיתר לאיסור. מטרת ההקדמה היא להראות לאדם שמה שמותר לו רב לאין שיעור ממה שנאסר עליו, וכי ה' אינו מבקש לענות את גופו ולמנוע ממנו הנאה, אלא רק להרחיקו מדבר אחד ספציפי [שד"ל, מלבי"ם, ר' סעדיה גאון]. הכפילות אָכֹל תֹּאכֵל באה לחזק את ההיתר וללמד כי זוהי רשות גמורה ואף מצווה על האדם לקיים את עצמו מן המותר [רד"ק, אדרת אליהו], ואף להזהירו שלא יחמיר על עצמו ויאסור פירות אחרים [קונטרס חיבה יתירה]. מעבר לצורך הפיזי, לאכילה זו יש תפקיד רוחני: כאשר האדם ניזון מן הצומח, הוא מעלה את הבריאה ממדרגה נמוכה למדרגה אנושית ורוחנית גבוהה יותר [חתם סופר, רש"ר הירש]. כמו כן, ההיתר אינו מוגבל רק לפירות, אלא כולל הנאות נוספות שניתן להפיק מן העצים [העמק דבר].
בולטת בהיעדרה בפסוק זה אזהרה כלשהי לגבי עץ החיים. מדוע לא נאסר על האדם לאכול ממנו? גישה אחת גורסת כי אכן, בתחילה עץ החיים היה מותר באכילה, שכן האדם נועד לחיות לנצח. רק לאחר שחטא ונגזרה עליו מיתה, נאסר עליו עץ החיים והוא גורש מהגן, כדי שלא יחיה חיי נצח במצב של חטא וטומאה [ביאור יש"ר, קאסוטו]. גישות אחרות מציעות שהאדם שהה בגן זמן כה קצר שטרם הספיק לאכול ממנו, או שטרם הייתה בו מספיק תבונה להבחין בינו לבין שאר העצים, או שעץ הדעת ועץ החיים מנוגדים זה לזה כסם חיים וסם מוות [ריב"א, חזקוני].
בסופו של דבר, הציווי הראשון אינו רק מבחן אישי לאדם, אלא מהווה תבנית לעתיד האנושות ועם ישראל. מטרת הניסיון לא הייתה עבור ה' שיודע הכול, אלא כדי להראות למלאכי הרחמים את טבעו האמיתי של האדם, וללמד שעצם מהותו נבנית מתוך ההתמודדות שבין רצון ה' לבין יצריו [חזקוני]. כשם שהאדם נכנס לגן, צווה, חטא וגורש, כך גם בניו עתידים להיכנס לארץ ישראל, להצטוות במצוות התורה, לחטוא ולגלות בין האומות [צרור המור].