מערכת ההשקיה של הגן האלוהי מתוארת כמצב אידיאלי של שפע, ברכה ושלמות. המקום סיפק את צרכיו בעצמו, ללא כל תלות בכוחות חיצוניים, וביטא הרמוניה מוחלטת בין הטבע למקורו הרוחני.
הכתוב מבחין תחילה בין המושג "עדן" לבין "הגן". עדן הוא המקור הנעלם והנסתר שממנו נובע המעיין, ואילו הגן הוא השטח שאליו זורמים המים [חוקקי יהודה]. וְנָהָר יֹצֵא מֵעֵדֶן לְהַשְׁקוֹת אֶת הַגָּן, עוד בטרם נברא האדם, הנהר השקה את הגן לכל עבר [אבן עזרא]. תיאור זה בא להדגיש את שלמותו של המקום, שלא חסר בו דבר והוא לא היה זקוק למי גשמים או לעמל אנושי של שאיבת מים והשקיה [שד"ל, ספורנו, רד"ק, קאסוטו]. ממדיו של הנהר המקורי היו עצומים, שכן הוא הכיל כמות מים המספיקה להזין ארבעה נהרות אדירים, וסביר כי נבע ממעמקי האדמה [רס"ג]. יתרה מכך, יש הרואים בנהר זה את מקור החיות של הבריאה כולה, כאשר העולם כולו ניזון מתמצית השפע שמשקה תחילה את גן העדן [תורה תמימה]. מבחינה כתיב, המילה יֹצֵא נכתבה בתורה חסר ללא האות וי"ו, צורה נדירה המופיעה פעמים בודדות בלבד במקרא [מנחת שי].
וּמִשָּׁם יִפָּרֵד, הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהנהר זרם כיחידה אחת בתוך הגן, ורק לאחר שיצא ממנו והשקה אותו, הוא החל להתפצל [רד"ק, אדרת אליהו, קאסוטו]. מנגד, יש המפרשים כי המילה ומשם מתייחסת לגן עצמו, כלומר מים נוספים יצאו מגבולות הגן ונפרדו זה מזה, ולא מדובר בנהר אחד שהתפצל [ביאור יש"ר].
וְהָיָה לְאַרְבָּעָה רָאשִׁים, הפרשנים נחלקו בהבנת המילה רָאשִׁים. רובם מסבירים כי הכוונה לחלקים או ענפים. הנהר המרכזי התפצל לארבעה ערוצים, שכל אחד מהם הפך לנהר גדול ומרכזי בפני עצמו [שד"ל, רד"ק, קאסוטו, שטיינזלץ], ואף שייתכן שהיו לו פיצולים קטנים נוספים, ארבעת אלו היו הגדולים והעיקריים [אדרת אליהו]. לעומת זאת, יש הטוענים כי המשמעות היא מקורות והתחלות חדשות. לפי גישה זו, הנהר המקורי שקע אל תוך האדמה ביציאתו מהגן, ופרץ שוב בארבעה מוקדים גיאוגרפיים שונים לחלוטין כארבעה מעיינות נפרדים [רש"ר הירש]. כך או כך, מיקומו המדויק של הנהר המקורי נעלם מעינינו כיום, ככל הנראה בעקבות השינויים הגיאוגרפיים האדירים שחולל המבול [ביאור יש"ר].
לצד הפירוש הגיאוגרפי, הפרשנים מוצאים בפסוק רובד סמלי ועמוק. הנהר המאוחד מסמל את השפע האלוהי, השכל הטהור או התורה [רלב"ג, אלשיך]. התפצלות הנהר מחוץ לגן משקפת את פיצול דרכיה של האנושות לאחר החטא והגירוש מגן העדן. בני האדם נפרדו לארבע קבוצות מרכזיות על פי נטיותיהם: אלו הרודפים אחר העושר והממון, אלו השקועים בתאוות הגוף, אלו המחפשים כוח, שררה ומלחמות, והקבוצה הרביעית המקדישה את חייה לחכמה וליראת ה' [מלבי"ם, אלשיך]. בראייה חיובית יותר, ארבעת הנהרות מסמלים ארבעה אופנים שונים שבהם מתפשט השכר הרוחני של גן העדן אל סוגים שונים של בני אדם, כל אחד בהתאם לאופיו, מעשיו ותרומתו לעולם [העמק דבר].