מעמד הברכה של בני יוסף טומן בחובו סטייה מודעת מהסדר המקובל של כיבוד הבכור. רגע זה חושף הבנה נבואית עמוקה של יעקב לגבי עתיד הנערים, ומדגיש את המשמעות הרוחנית הטמונה בימין ובשמאל [אם למקרא].
ההחלטה להעדיף את אפרים, שעליו נאמר וְהוּא הַצָּעִיר, נובעת מראייה נבואית שעתידים לצאת ממנו צאצאים גדולים וחשובים יותר [רד"ק, צאינה וראינה]. מעבר לכך, יש המציינים כי אפרים הקטין והשפיל את עצמו, ובזכות ענווה זו זכה לבכורה [העמק דבר, ברכת אשר].
ההבדל בין הידיים אינו מקרי. היד הימנית מסמלת את השכל, החכמה והשפע הרוחני, בעוד היד השמאלית מייצגת את הברכה הגשמית והטבעית. יוסף הניח כי מנשה הבכור ראוי לברכה השכלית שבימין, אך יעקב ידע כי ייעודו של אפרים הוא בהנהגה רוחנית שלמעלה מדרך הטבע, ואילו כוחו של מנשה יבוא לידי ביטוי בהליכות העולם והטבע, ולכן התאים לכל אחד את הברכה הראויה לו [כלי יקר, העמק דבר].
פעולתו של יעקב מתוארת במילים שִׂכֵּל אֶת יָדָיו, ביטוי שזכה לשני אפיקי פרשנות מרכזיים. הגישה הפיזית מפרשת את המילה מלשון סיכול ועיקום, כלומר יעקב שילב, הרכיב והצליב את זרועותיו זו על גב זו באלכסון [רשב"ם, רלב"ג, רבנו חננאל, שד"ל]. מנגד, הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהמילה נגזרת משורש ש.כ.ל, ומעידה על חכמה, הבנה וכוונה. למרות שעיניו כבדו מזוקן, יעקב לא פעל מתוך טעות, אלא הנחה את ידיו באופן מושכל, מתוכנן ומונחה ברוח הנבואה, כשהוא מבין היטב במישוש ידיו מי עומד לפניו [רש"י, אבן עזרא, ספורנו, הכתב והקבלה, ביאור יש"ר].
מניעיו של יעקב מתבארים במילים כִּי מְנַשֶּׁה הַבְּכוֹר, וישנן שתי דרכים עיקריות להבנת מילת הקישור בהקשר זה. קבוצת פרשנים אחת מסבירה שהמשמעות כאן היא "אף על פי". כלומר, יעקב הפך את ידיו אף על פי שמנשה הוא הבכור ומן הדין היה ראוי לשים את הימין עליו, משום שראה את גדולתו העתידית של אפרים [אבן עזרא, רד"ק, מזרחי, חזקוני]. קבוצה שנייה מפרשת את המילה כנתינת טעם ישירה: יעקב ידע שבגלל שמנשה הוא הבכור, יוסף בוודאי יעמיד אותו לימינו של יעקב. מתוך ידיעה מוקדמת זו, הבין יעקב שעליו להכין את עצמו ולהשכיל להצליב את ידיו מראש כדי להעביר את הברכה כרצונו [אור החיים, בכור שור, הדר זקנים].
עולה השאלה, מדוע יעקב בחר לסבך את ידיו במקום פשוט לבקש מהנערים להחליף מקומות? הפרשנים מסבירים כי יעקב פעל מתוך רגישות רבה כדי לא לבייש את מנשה. פקודה פומבית לעבור לצד שמאל הייתה מהווה פגיעה בכבודו כבכור, ולכן יעקב הותיר אותו לעמוד במקום המכובד מימין, ורק שינה את תנוחת ידיו שלו [חזקוני, שפתי חכמים, צאינה וראינה, פענח רזא]. יתרה מזו, על ידי הצלבת הידיים נוצר מצב שבו ידו השמאלית של יעקב, שהונחה על מנשה, הייתה מונחת מעל לידו הימנית. בכך חלק יעקב למנשה כבוד מסוים והעניק גם לו חלק של גדולה המתאימה לבכור, מבלי לגרוע מהברכה המרכזית שניתנה לאפרים [מלבי"ם, רא"ש, פרדס יוסף].