תפילתו של המלך מתקבלת ברצון בשמיים, והעם שחטא זוכה לסליחה מלאה ולכפרה. וַיִּשְׁמַע ה' אֶל יְחִזְקִיָּהוּ מעיד על כך שה' שמע לתפילתו, וכי משמיים הסכימו עמו והכל התנהל כראוי [ביאור שטיינזלץ]. בנוסף, קבלת התפילה מלמדת שקורבנם של העם נרצה והתקבל [חומת אנך].
לגבי המילה וַיִּרְפָּא, הפרשנים מסכימים כי אין מדובר ברפואה פיזית אלא ברפואה רוחנית, שמשמעותה סליחה וכפרה. החטא נתפס כמעין חולי של הנפש, ולכן הכפרה עליו נחשבת לרפואה [מצודת ציון]. שימוש זה במונח רפואה לתיאור סליחת עוונות מוכר גם מספר תהילים, בפסוק "רפאה נפשי כי חטאתי לך" [רד"ק, מצודת ציון]. כך, בעקבות התפילה, ה' סלח לעם וכיפר על עוונם [מצודת דוד, רד"ק, ביאור שטיינזלץ].