המתח בין הקפדה על הלכות טומאה וטהרה לבין כוונת הלב הכנה בעשיית המצוות עומד במרכז התפילה למחילת ה'. הבקשה היא לסלוח לאלו שהשתתפו בהקרבת קורבן הפסח מבלי להשלים את תהליכי הטהרה הנדרשים, מתוך הבנה שמסירותם הפנימית מפצה על החיסרון החיצוני.
הפרשנים מסכימים כי יש לקרוא טקסט זה כהמשך ישיר לבקשתו של חזקיהו המופיעה קודם לכן, כך שנוצר הרצף הרעיוני: "ה' הטוב יכפר בעד כל מי שכָּל לְבָבוֹ הֵכִין" [רש"י, רד"ק]. עם זאת, קיימת מחלוקת למי מכוונות המילים כָּל לְבָבוֹ הֵכִין. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהכוונה לעם, כלומר לכל אדם שהתאמץ והכין את עצמו לִדְרוֹשׁ את ה' [ביאור שטיינזלץ]. מנגד, יש המפרשים כי המילים מתייחסות למלך יחזקיהו עצמו; אף על פי שפסק בהוראת שעה לאפשר את אכילת הפסחים בטומאה, כוונת ליבו הייתה טהורה ומופנית לשם ה' [מצודת דוד].
לגבי סיום הדברים, וְלֹא כְּטָהֳרַת הַקֹּדֶשׁ – מילים שהאות ה"א בהן מנוקדת בחטף קמץ [מנחת שי] – המשמעות היא שהעולים לרגל לא הספיקו להיטהר כראוי לקודש. הסיבה לכך נובעת משילוב של מרחק וזמן. בניגוד לתושבי יהודה שהיו קרובים לירושלים והספיקו להיטהר, בני השבטים הרחוקים, כמו אפרים ומנשה, קיבלו את איגרות הזימון באיחור. הם נאלצו למהר כדי להגיע בזמן להקרבת הפסח, ולא יכלו להמתין להשלמת הטהרה, ולכן אין לראות בכך פשע מכוון [רש"י]. קושי זה התעצם לאור סוג הטומאה; בעוד שטומאה רגילה דורשת רק טבילה במקווה, טומאת מת מצריכה תהליך של שבעה ימים הכולל הזאת מים חיים, תהליך שלא היה ניתן להשלימו עד למועד הקבוע של חג הפסח [ביאור שטיינזלץ].