ההכנות לקראת הקרבת קורבן הפסח דרשו בראש ובראשונה היטהרות רוחנית וביעור יסודי של עבודה זרה מירושלים. הפעולה, כפי שמעידה המילה וַיָּקֻמוּ, נעשתה עוד בטרם עשיית הפסח [ביאור שטיינזלץ]. הסיבה להקדמת הטיהור נובעת מכך שקיים איסור להאכיל מקורבן הפסח לאדם המומר לעבודה זרה, ולכן היה הכרח לבער תחילה כל סממן של פולחן זר כדי להכשיר את העם לאכילת הקורבן [מלבי"ם].
במסגרת מבצע הטיהור וַיָּסִירוּ אֶת־הַמִּזְבְּחוֹת, פעולה שכללה את סילוקן של הבמות הלא-מורשות שנועדו לעבודת ה', לצד השמדת המזבחות שהוקדשו לעבודה זרה [ביאור שטיינזלץ].
באשר לביאור המילה הַמְקַטְּרוֹת, הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שמדובר במזבחות, כלים או מקומות שיועדו במיוחד להקטרת קטורת לשם עבודה זרה [מצודת דוד, רלב"ג, ביאור שטיינזלץ]. מנגד, מציג גישה שונה ולפיה מדובר במקומות שבהם שהו כוהנים ולוויים [רש"י]. את כל המזבחות והכלים הללו הסירו לחלוטין וַיַּשְׁלִיכוּ לְנַחַל קִדְרוֹן [ביאור שטיינזלץ].