הוראתו של המלך לערוך מפקד אוכלוסין לאורכה ולרוחבה של הארץ מעוררת שאלות מהותיות על טבעה של הספירה ועל הסכנות הרוחניות הטמונות בה. פנייתו של דוד אל שר צבאו נועדה להוציא לפועל רישום צבאי ואזרחי מקיף.
המילה שׁוּט מבטאת הליכה ותנועה הלוך ושוב ברחבי הארץ, ואילו המילה וּפִקְדוּ משמעותה עריכת המניין וספירת העם [מצודת ציון, ביאור שטיינזלץ]. הפנייה בלשון רבים מלמדת כי המשימה הוטלה על יואב יחד עם שרי החיל ואנשי הצבא שהלכו עמו [מצודת דוד, אברבנאל, ביאור שטיינזלץ].
מטרתו של דוד במפקד זה לא הייתה רק לדעת את הסכום הכולל של תושבי הממלכה, אלא לערוך רישום פרטני ומדויק. הצירוף וּפִקְדוּ אֶת הָעָם רומז כי הספירה נעשתה באופן אישי, גולגולת אחר גולגולת [אברבנאל]. דוד ביקש לכתוב כל איש צבא בספר דברי הימים של המלך כדי לוודא שאיש לא ייעדר בעת מלחמה, ואף תכנן לספור את הילדים והנערים שטרם הגיעו לגיל עשרים, כדי לדעת מתי יעמדו לשירות צבאי [מלבי"ם].
אופי זה של הספירה מעורר את שאלת הנגף שפרץ בעקבותיה, שכן בתורה מופיעה אזהרה מפורשת לתת "כופר נפש" (מחצית השקל) בעת מפקד כדי למנוע מגפה. כיצד נעלם ציווי זה מעיני דוד וחכמי דורו?
גישה אחת מסבירה כי דוד סבר שהחשש מנגף נאמר בתורה רק לשעתו, בתקופת חטא העגל שבה שרר קטרוג על ישראל, אך בימים כתיקונם אין סכנה בספירה. חיזוק להנחה זו נמצא במפקד שערך שאול המלך בעבר, שבו לא ניתן כופר נפש ולא פרצה מגפה [חומת אנך].
מנגד, יש המחלקים בין סוגי המפקדים ומסבירים כי שאול פקד את העם רק כדי לדעת את המספר הכולל, פעולה שאינה מסוכנת. טעותו של דוד הייתה בכך שספר ומנה את הפרטים אחד לאחד, כולל את אלו שפחותים מבן עשרים. ספירה פרטנית כזו מפרידה את האנשים מהכלל, מסירה את הברכה השורה על הדבר המנוי ופותחת פתח לשליטת עין הרע ולמגפה, ולכן דווקא בספירה ממין זה הייתה חובה מוחלטת לתת את כופר הנפש [מלבי"ם].