לאחר שנמלטו מיריחו, המרגלים מיישמים במדויק את עצתה של רחב ופונים להסתתר. הכתוב מציין כי הם פנו הָהָרָה, כלומר לאזור ההררי הנמצא ממערב לעיר, בעוד שהרודפים חיפשו אותם בְּכָל הַדֶּרֶךְ – מיריחו מזרחה לכיוון נהר הירדן, הלוך ושוב, ולכן לא מצאו אותם [ביאור שטיינזלץ].
השימוש בכפילות הפעלים וַיֵּלְכוּ וַיָּבֹאוּ מוסבר כתיאור של תנועה מחושבת וזהירה: תחילה המרגלים "הלכו" ועברו את ההר והלאה כדי לסרוק את השטח ולוודא שאין בו אורבים. רק לאחר שראו שהשטח פנוי, הם "באו" חזרה אל ההר כדי להסתתר בו מתוך תחושת ביטחון. בנוסף, השגחתו של ה' לוותה אותם, שכן גם בצאתם ממקום המסתור הם לא פגשו איש מיושבי הארץ שעלול היה לחשוד בהם כמרגלים [אלשיך].
הסתתרותם של המרגלים בהר מעלה שאלה מהותית: הרי בדרכם אל העיר הם הלכו בבטחה וללא מורא מתוך אמונה בה', ומדוע כעת בחרו להתחבא מפני הרודפים? ההסבר לכך הוא שלא מדובר בפחד, אלא בפעולה רוחנית. הכנענים הפעילו כישופים שמטרתם לגרום לישראל לברוח מפניהם. מכיוון שפעולת כישוף שאינה מצליחה במלואה חייבת להתקיים לפחות בחלקה, המרגלים עשו עצמם כבורחים ומתחבאים. בכך הם קיימו את גזירת הכישוף באופן סמלי ומצומצם, ונטרלו את השפעתו מעל עם ישראל שיבוא אחריהם [אהבת יהונתן].
בתום שלושת ימי המסתור, כפי שהונחו, שבו המרגלים למחנה. את הדיווח המלא על קורותיהם, על ההבטחה שנתנו לרחב ועל הפחד העמוק שאחז בכנענים, הם מסרו ליהושע לבדו ולא לעם, שכן עצם שליחותם נשמרה בסוד מתחילתה [אברבנאל].