מרדף לילי מתוח יוצא לדרך, מבוסס כולו על הנחת יסוד שגויה, בעוד פעולת סגירת השער שחותמת את הפסוק נועלת את המרגלים ומעלה את מפלס הסכנה.
הכתוב מתאר כי וְהָאֲנָשִׁים רָדְפוּ אַחֲרֵיהֶם, אך רוב הפרשנים מדגישים כי המרדף "אחריהם" התקיים בשלב זה רק במחשבתם ובהשערתם של הרודפים, שהרי המרגלים עדיין הסתתרו על הגג. הרודפים פנו דֶּרֶךְ הַיַּרְדֵּן עַל הַמַּעְבְּרוֹת. המילה עַל משמעותה כאן "עד" [מצודת ציון, רד"ק], והַמַּעְבְּרוֹת הן נקודות החצייה של מי הנהר [רש"י, מצודת ציון]. הם הניחו שפני המרגלים מועדות חזרה אל מחנה ישראל שבערבות מואב, ולכן מיהרו למקומות שבהם ניתן לחצות את הירדן [רש"י, ביאור שטיינזלץ], מתוך תקווה שבהיותם רכובים על סוסים יצליחו להשיג את המרגלים הנמלטים ברגל [ביאור שטיינזלץ].
חציו השני של הפסוק, וְהַשַּׁעַר סָגָרוּ אַחֲרֵי כַּאֲשֶׁר יָצְאוּ הָרֹדְפִים אַחֲרֵיהֶם, מעורר מחלוקת מרתקת בין הפרשנים בשאלה איזה שער נסגר, מי סגר אותו, ומה הייתה מטרתו:
הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהכוונה לשער העיר. שומרי העיר סגרו את השער מיד עם צאת הרודפים, כדי לוודא שאם המרגלים עדיין מסתתרים בתוך העיר, הם לא יוכלו להימלט ממנה כעת [מצודת דוד, ביאור שטיינזלץ]. יש הסבורים כי סגירה זו באה בעקבות תוכחתה של רחב, שהאשימה את השומרים ברשלנות על כך שהשער נותר פתוח בשעת לילה מתוחה [אברבנאל].
לעומת זאת, גישה אחרת מפרשת שהמילה "שער" מתייחסת לדלת ביתה של רחב. גם כאן נחלקו הדעות מי סגר את הדלת:
יש המפרשים כי המרגלים עצמם, או בני ביתה של רחב, הם שסגרו את הדלת מבפנים כדי למנוע מאנשים נוספים להיכנס ולגלות את המסתור [רד"ק, אברבנאל]. הניסוח המורכב אַחֲרֵי כַּאֲשֶׁר מלמד שהם לא טרקו את הדלת מיד עם צאת הרודפים, אלא המתינו עד שיתרחקו מעט, כדי שקול נעילת הדלת לא יסגיר את עובדת הימצאותם בבית [רד"ק].
מנגד, פירוש מפתיע ומקורי מציע כי הרודפים עצמם הם שסגרו את דלת הבית מבחוץ [מלבי"ם, אלשיך]. לפי קו מחשבה זה, הרודפים חשדו שרחב מנסה להערים עליהם ולהרוויח זמן כדי להבריח את המרגלים. לכן, מיד בצאתם לרדוף אחריהם, הם נעלו את דלת הבית מבחוץ, במטרה ללכוד את המרגלים בפנים למקרה שהם עדיין שם. תכנונם היה פשוט: אם לא ימצאו אותם בחוץ, ישובו לערוך חיפוש יסודי בבית הנעול. פירוש זה מאיר באור חדש את המשך הסיפור ומסביר מדוע רחב נאלצה מאוחר יותר להוריד את המרגלים בחבל בעד החלון – הרי דלת הבית הייתה נעולה מבחוץ ולא נותרה להם כל דרך אחרת לצאת [אלשיך].