לאחר יום הבכי על חסרונו של שבט בנימין, מתאספים בני ישראל כדי לעשות חשבון נפש ולחפש פתרון למשבר. ויהי ממחרת מתאר את ישיבתם המחודשת של העם לחקור את סיבת האסון, לפשפש במעשיהם ולהבין מדוע חרה אף ה' בהם [מלבי"ם].
פעולתם הראשונה היא ויבנו שם מזבח. הפרשנים מעלים קושי: הרי במקום שבו שהו (בין אם מדובר בשילה ובין אם בבית אל) כבר עמד מזבח קבוע. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהעם בנה מזבח חדש ונוסף על המזבח הרגיל שעמד במשכן. עצם בניית המזבח החדש נועדה לשמש כאמצעי מיוחד לדרישת ה' ולתפילה בעקבות הקלקול והאסון שאירעו במלחמת האחים [רד"ק, רלב"ג].
הקרבת הקרבנות, ויעלו עלות ושלמים, נועדה למצוא חן בעיני ה', לעשות שלום בין ישראל לאביהם שבשמים, וכן לזכות בהשראה ובעצה נכונה שתסייע להם למצוא נשים לנותרים ולמנוע את הכחדת השבט [מצודת דוד, מלבי"ם]. יש הסבורים כי ייתכן והקרבנות הובאו כהשלמת נדר שנדרו ישראל, שאם ה' ייתן את בנימין בידם יעשו זאת לכבודו [רלב"ג].
חלוקה מדויקת יותר של מטרת הקרבנות מציגה כי העולות הוקרבו לה' על כך שנתן את בנימין בידיהם, ואילו השלמים הוקרבו כדי להשכין שלום עם ה', מתוך הכרה עמוקה של העם באשמתו. ישראל הבינו כי המכות הקשות שספגו במערכות הראשונות של המלחמה נבעו מעוונותיהם, שכן על פי דרך הטבע, צבא עצום של ארבע מאות אלף איש מישראל היה אמור להביס בקלות עשרים ושישה אלף לוחמים מבנימין [אברבנאל].