לאחר מלחמת האחים הקשה, חל שינוי עמוק ביחסם של בני ישראל כלפי שבט בנימין. הם מבינים את ההשלכות ההרסניות של המלחמה ואת הסכנה הממשית להכחדתו המוחלטת של השבט.
המילה וַיִּנָּחֲמוּ מבטאת שינוי מחשבה וחרטה [מצודת ציון, ביאור שטיינזלץ]. בני ישראל עזבו את השנאה שאפיינה את הלחימה, החלו להצטער על מצבו של בנימין, ושבו לחשוב כיצד להציל את שארית הפליטה שנותרה מהשבט [רש"י, ביאור שטיינזלץ]. עד לשלב זה, העם עסק בחקירת העבר ובסיבות לעונשם, אך כעת התעוררה אצלם דאגה חדשה לגבי העתיד [מלבי"ם].
החשש המרכזי מבוטא במילים נִגְדַּע הַיּוֹם. הפועל נִגְדַּע משמעותו כריתה ועקירה [רד"ק, מצודת ציון]. יש להקפיד לקרוא מילה זו באות דל"ת ולא באות רי"ש (נגרע), למרות שיש שטעו בכך ופירשו זאת כלשון מניעה וחיסרון [מנחת שי].
ההכרה כי שבט מישראל נגדע נובעת מהמצב בשטח: בנימין נענש קשות, נותרה רק אדמה חרוכה, ונשות השבט נהרגו כולן [ביאור שטיינזלץ, מלבי"ם]. מאחר שבני ישראל נשבעו קודם לכן שלא לתת את בנותיהם לאנשי בנימין, שש מאות הגברים ששרדו נותרו ללא נשים, והמשמעות היא הכחדה ודאית של השבט כולו [מלבי"ם].
אובדן של שבט אינו רק אסון מקומי, אלא פגם לאומי ורוחני חמור לדורות. השכינה יכולה לשרות על העם רק כאשר הוא שלם ומונה שנים עשר שבטים. חסרונו של שבט אחד מהווה נזק בלתי הפיך המחלל את קדושת ישראל לנצח [מלבי"ם]. מתוך הבנה זו, בני ישראל מגיעים למסקנה כי בנימין קיבל את עונשו, וכעת עליהם לטכס עצה כדי לשקם את השבט ולהחזיר את המצב לקדמותו [ביאור שטיינזלץ].