רשימת המתיישבים בירושלים לאחר תום הגלות מתמקדת בפירוט ההרכב השבטי של התושבים ובייחוסם של האישים המרכזיים שבהם.
וּבִירוּשָׁלִַם יָשְׁבוּ מִבְּנֵי יְהוּדָה וּמִבְּנֵי בִנְיָמִן
עיקר ההתיישבות בירושלים התבססה על בני שבט יהודה ושבט בנימין [ביאור שטיינזלץ]. היעדרם של בני עשרת השבטים מרשימה זו נובע מכך שרק בודדים מהם התיישבו בעיר, ולכן הם אינם מוזכרים כאן, אף על פי שנוכחותם כן נזכרת ברשימה המקבילה בספר דברי הימים [מצודת דוד]. השמטתם של שבטים כאפרים ומנשה מפסוק זה היא פעולה עריכתית מכוונת, שכן הם כבר נכתבו בספר דברי הימים, ונחמיה נמנע מלחזור על דברים שכבר תועדו ומעדיף להוסיף עליהם [מלבי"ם].
מִבְּנֵי יְהוּדָה עֲתָיָה
הכתוב חוזר ומפרט מי בדיוק היו אותם אנשים משבט יהודה שהתיישבו בעיר. רשימת היוחסין המופיעה כאן אינה מונה את כלל התושבים, אלא מתמקדת באנשים הגדולים והחשובים שבהם בלבד [רש"י].
השוואה בין פסוק זה לרשימה המקבילה בספר דברי הימים חושפת הבדלים בשלשלת היוחסין של עתיה (הנקרא שם "עותי") עד למִבְּנֵי פָרֶץ בן יהודה. הפערים והסתירות לכאורה נובעים מכך שספר נחמיה נועד להשלים ולהוסיף על הרשומות הקודמות. בעוד שבספר דברי הימים נכתבו רק ארבעה דורות והשאר הושמטו, נחמיה מצא ספר יוחסין מפורט יותר שכלל אנשים רשומים וחשובים נוספים. לכן, הוא הוסיף לרשימה אבות מסוימים שלא הוזכרו קודם לכן, אך המשיך להשמיט את שמותיהם של דורות ביניים שלא היו בולטים בחשיבותם [מלבי"ם].