רשימת המרגלים חורגת ממנהגה בעת הצגת נציג שבט מנשה, וחושפת קשרים עמוקים בין מעשי האבות לגורל הבנים. השאלה המרכזית שעולה מן הפסוק היא מדוע המילים לְמַטֵּה יוֹסֵף מוצמדות דווקא לתיאור לְמַטֵּה מְנַשֶּׁה, בעוד שברוב המקומות בתורה שמו של יוסף מקושר דווקא לשבט אפרים.
הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהשינוי נועד להצביע על הקבלה שלילית של הוצאת דיבה, כלומר דיבור רע ושלילי. כשם שיוסף הוציא דיבה רעה על אחיו, כך גדי בן סוסי, נציג שבט מנשה, בחר באומנותו של אביו והוציא דיבה רעה על ארץ ישראל. בשל דמיון זה, התורה קושרת ביניהם דווקא כאן [רבנו בחיי, תולדות יצחק, פענח רזא, דעת זקנים, חזקוני, הדר זקנים, צאינה וראינה]. לעומת זאת, הושע בן נון, נציג שבט אפרים, לא לקח חלק בהוצאת הדיבה. משום כך, התורה מפרידה ברשימה בין אפרים למנשה, ונמנעת מלהזכיר את שמו של יוסף בסמוך לאפרים, כדי להרחיק את יהושע הצדיק מחטא זה [רבנו בחיי, תולדות יצחק, חזקוני, צאינה וראינה].
על רקע זה מובנת תפילתו של משה, ששינה את שמו של הושע ליהושע. כוונת משה הייתה לבקש שה' יושיע את יהושע מעצת המרגלים, כדי שלא ייכשל ויוציא דיבה כפי שעשה יוסף זקנו, או לחלופין, שה' יציל אותו מפגיעה פיזית מצד המרגלים הרשעים [תולדות יצחק, הדר זקנים]. על עוצמת הפחד שהוביל את המרגלים להוציא דיבה ניתן ללמוד מתיאור מדרשי, המספר כיצד המרגלים הסתתרו בתוך קליפת רימון שהשליכה בתו של ענק. כאשר ראו את כוחם העצום של תושבי הארץ, נפלה עליהם אימה שגרמה להם לדבר סרה בארץ [הדר זקנים].
מנגד, יש המפרשים את הזכרת יוסף דווקא על דרך הניגוד וההחמצה. יוסף נודע בחיבתו העמוקה לארץ ישראל, שבאה לידי ביטוי בבקשתו להעלות את עצמותיו לארץ, אהבה שהמשיכה גם אצל בנות צלפחד. אזכורו כאן נועד להעצים את הטרגדיה של נשיא מנשה, שלא למד מחיבת הארץ של אביו, ובחר לחבור לעצה הרעה של המרגלים [פני דוד].
גישה שונה לחלוטין מסבירה את הקישור למנשה לא על רקע חטא המרגלים, אלא כביטוי למעבר מהנהגה ניסית להנהגה טבעית. בעוד שבמדבר, תחת הנהגה ניסית, ניתנה הבכורה לשבט אפרים, הכניסה המתוכננת לארץ ישראל סימנה מעבר לעולם הטבע. בעולם הטבעי, שבט מנשה היה גדול וחזק יותר, ולכן ברגע זה של הכנה לכניסה לארץ, הוא זה שזוכה לשאת את התואר הכללי של מטה יוסף [העמק דבר].