מבחן המטות מהווה את נקודת ההכרעה הסופית לאחר המחלוקת על הכהונה, ובו מתבקשים נשיאי העדה להפקיד את מטותיהם לפני ה'. מסירת המטות לא הייתה רק פעולה טכנית, אלא הפגנת כפיפות להחלטה האלוהית. לאחר שמשה ציווה עליהם בשם ה', הנשיאים לא סירבו ומסרו את מטותיהם מרצון. למעשה, הם אף סיפקו את מטהו של אהרן בעצמם משל הציבור, שכן לא היה להם ספק פנימי בבחירת שבט לוי, והבדיקה נועדה בעיקר כדי להסיר ספקות מליבם של אחרים או עבור הדורות הבאים [העמק דבר].
איסוף המטות עורר שאלה מבנית. כיוון ששבט לוי קיבל מטה משלו, נוצר ספק לגבי נציגות שבטי יוסף, אפרים ומנשה, ומי מהם ישלים את המניין. ספק זה דרש את בירורו והכרעתו של ה' [צפנת פענח]. מבחינה חיצונית, מטהו של אהרן לא היה שונה כלל ממטותיהם של שאר הנשיאים [רש"ר הירש], והוא נמנה כחלק בלתי נפרד ממספר שנים עשר המטות הכולל [ביאור יש"ר].
עיקר עיון הפרשנים נסוב סביב המילים בְּתוֹךְ מַטּוֹתָם. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שמשה הניח את מטה אהרן בדיוק באמצע, בין שאר המטות. משה אגד את כל המטות לאגודה אחת, כאשר מטה אהרן ממוקם במרכזה [ברכת אשר]. הסיבה למיקום המדויק הזה הייתה למנוע פתח לטענות מצד המפקפקים. אילו היה מונח בצד, היו עלולים לטעון שהמטה פרח רק משום שהונח קרוב יותר למקום השכינה במשכן [רש"י, רבנו בחיי, שטיינזלץ]. כאשר המטה הונח באמצע, שאר המטות חצצו בינו לבין חלל המשכן, ובכך הוכח שהפריחה היא נס אלוהי מובהק ולא תוצאה של מיקום פיזי [גור אריה].
חלק מהפרשנים מעירים כי הדגשה זו נלמדת מייתור הלשון בפסוק; התורה לא הסתפקה בלציין שהיו שנים עשר מטות, אלא הוסיפה במפורש שמטה אהרן היה בתוכם, כדי ללמד על מיקומו האמצעי המדויק [שפתי חכמים, ברטנורא, משכיל לדוד]. עם זאת, יש המציינים כי מבחינה לשונית טהורה המילה "בתוך" משמעותה לרוב רק "בקרב" או "בפנים", והפירוש הממקם את המטה בדיוק בנקודה האמצעית נשען למעשה על מסורת האגדה [מזרחי].