בשעת משבר נוראה, כאשר מגפה קטלנית מתפשטת במחנה ישראל, משה ואהרן יוצאים להציל את העם שזה עתה מרד בהם. פעולת ההצלה דורשת תושייה מהירה ומסירות נפש, תוך שימוש בכלי המפתיע ביותר להצלת חיים.
רוב הפרשנים מסכימים כי הבחירה בקטורת נועדה להעביר מסר חינוכי עמוק. העם חשב שהקטורת היא סם מוות בגלל שרפת מאתיים וחמישים האיש שהקטירו אותה קודם לכן. לכן, משה רצה להוכיח להם שהקטורת כשלעצמה אינה ממיתה, אלא להפך, בידיו של הכהן הנבחר והראוי היא מעניקה חיים ועוצרת מגפות [אור החיים, רשב"ם, בכור שור, חזקוני]. מעבר לכך, משה ידע בוודאות שהקטורת תעצור את המגפה בזכות סוד שמסר לו מלאך המוות כשעלה לשמיים לקבל את התורה, לפיו הקטורת מסוגלת לעצור מגפות ולרצות את מידת הדין [רש"י, רקנאטי, משכיל לדוד].
פעולתו של אהרן דרשה מסירות נפש עצומה. אף על פי שה' אמר למשה ולאהרן להתרחק מהעדה כדי להשמידם, הם התעלמו מכבודם האישי ומיהרו להציל את העם מתוך אהבה אליהם [ביאור יש"ר, בעלי ברית אברם]. יתרה מזאת, הקטרת קטורת מחוץ לאוהל מועד היא בדרך כלל פעולה אסורה וחמורה, אך משה פעל מתוך ההבנה שפיקוח נפש דוחה הכול [העמק דבר].
קַח אֶת הַמַּחְתָּה: משה מצווה לקחת מחתה ספציפית וידועה, ככל הנראה המחתה שבה הקטיר אהרן ביום שלפני כן [ביאור יש"ר, אבן עזרא].
אֵשׁ מֵעַל הַמִּזְבֵּחַ: משה מזהיר את אהרן לקחת אש קדושה ממזבח העולה החיצוני ולא אש רגילה [רלב"ג, ביאור יש"ר]. הנחיה זו נועדה גם למנוע מאהרן לטעות מתוך הבהלה ולהביא "אש זרה" כפי שקרה לנדב ואביהוא [חזקוני, שפתי כהן].
וְשִׂים קְטֹרֶת: מדובר בסממני הקטורת הרגילה שהוקטרה בכל יום [ביאור יש"ר]. כדי למזער את האיסור של הקטרת קטורת בחוץ, משה הורה לאהרן להניח את הקטורת רק בצד אחד של הגחלים, כך שהיא תבער מאליה רק תוך כדי הריצה ולא תוקטר מיד בידיים [העמק דבר].
וְהוֹלֵךְ מְהֵרָה: משמעות המילה היא לשון ציווי להוביל ולשאת את המחתה [אבן עזרא, ביאור יש"ר]. הריצה המהירה נועדה גם כדי שהעם יבין שההצלה היא מאת ה' ולא יחשבו שיש סגולה קסומה במחתה הספציפית של אהרן [שפתי כהן].
אֶל הָעֵדָה: משה סבר שהמגפה תפגע תחילה בזקני העם שעמדו קרוב לאוהל מועד ונקראים "עדה", ולכן שלח את אהרן אליהם. אולם בפועל, המגפה פרצה בקרב המון העם שעמד מאחור, ולכן אהרן נאלץ לרוץ במהירות אל תוך ההמון עצמו [מלבי"ם].
וְכַפֵּר עֲלֵיהֶם: עשן הקטורת שימש מעין חציצה בפני המגפה [חזקוני]. משה רצה שדווקא אהרן יכפר על העם, כדי להראות להם שהוא אינו חפץ במותם למרות שערערו על כהונתו [ביאור יש"ר].
כִּי יָצָא הַקֶּצֶף: מילה זו מתארת את היציאה של גזר הדין והמכה [שד"ל]. פרשנים רבים מסבירים כי המילה מתייחסת לשמו של מלאך משחית ספציפי, כוח הנובע ממידת הדין, שאותו הכיר משה עוד מימי חטא העגל [רבנו בחיי, שפתי כהן, רקנאטי, הכתב והקבלה].
הֵחֵל הַנָּגֶף: משה אמר זאת בנבואה עוד בטרם ידע בוודאות שאנשים כבר החלו למות [שד"ל]. המשחית החל לפגוע בעם באופן שיטתי ומסודר מקצה המחנה והלאה, בדומה לאדם הקוצר תבואה בשדה [רבנו בחיי, בעלי ברית אברם].