לאחר סיומו הדרמטי של המרד, שבו נבלעו המורדים באדמה ומקריבי הקטורת נשרפו, המוקד עובר אל ההתמודדות עם שאריות האירוע. הטיפול בשרידים הפיזיים של המרד מעורר שאלות מורכבות על הגבול הדק שבין חטא, קדושה ומשפט אלוהי.
הציווי האלוהי מופנה באופן ספציפי אל אֶלְעָזָר בֶּן אַהֲרֹן הַכֹּהֵן ולא אל אהרון עצמו. הפרשנים מציעים מגוון מניעים לבחירה זו. הדבר נועד למנוע מראית עין שלפיה אהרון שמח לאידם של מתנגדיו או פועל מתוך שנאה כלפיהם [ביאור יש"ר, שפתי כהן]. כמו כן, מכיוון שהעונש הקטלני בא לעולם סביב שאלת כהונתו של אהרון, לא היה זה ראוי שהוא עצמו יתעסק בהשלכותיו [אור החיים], והיה צורך להגן עליו מפני טומאת המתים [חזקוני]. מעבר לסיבות האישיות הנוגעות לאהרון, בחירת בנו אלעזר נועדה להעביר מסר ציבורי ברור לעם, ולהוכיח כי הכהונה אינה שייכת רק לאהרון אלא נתונה לזרעו לדורות [אלשיך], מה גם שבאופן מעשי, אלעזר היה הממונה על כלי המזבח [העמק דבר].
אלעזר מצטווה לאסוף את המחתות מִבֵּין הַשְּׂרֵפָה. מילה זו מתארת את האנשים השרופים עצמם ואת אפרם, שמתוכו היה צורך לחלץ את המחתות [שד"ל, ביאור יש"ר, נתינה לגר]. תוספת האות וי"ו במילה וְיָרֵם מחברת את הציווי הזה לאירועים הקודמים, ומעידה כי הטיפול במחתות הוא המשך ישיר של בליעת קורח, שנועד לבסס ולחזק את מעמד הכהונה לדורות הבאים [אור החיים].
באשר לגחלים שעדיין בערו, ההוראה היא וְאֶת הָאֵשׁ זְרֵה הָלְאָה. על אלעזר להוציא את האש מתוך המחתות ולפזר אותה על הארץ [רש"י, שד"ל, גור אריה]. אש זו לא הייתה יכולה להיות מונחת במקום שפך הדשן הרגיל של המזבח, משום ששימשה להקרבת קטורת זרה ופסולה [ספורנו, העמק דבר]. אף על פי שבדרך כלל קיים איסור חמור לכבות גחלים שנלקחו מן המזבח, במקרה זה הותר לפזר ולכבות אותן, שכן מעשה החטא ניתק את האש ממצוות המזבח [מלבי"ם]. זווית ראייה נוספת מציעה כי אש זו הייתה אש אלוהית שנשלחה למטרת ענישה, ומשסיימה את תפקידה, היה צורך להרחיקה כדי שלא תשוב לעולם אל אוהל מועד [שפתי כהן].
בסוף דבריו, מנמק ה׳ את איסוף הכלים במילים כִּי קָדֵשׁוּ, קביעה המתייחסת למחתות עצמן ולא לאש [רש"י, גור אריה]. הפרשנים מתמודדים עם השאלה התיאולוגית כיצד כלים ששימשו למרד חמור כל כך יכולים לקבל מעמד של קדושה. הגישה המרכזית גורסת כי מעצם העובדה שהמחתות שימשו בפועל ככלי שרת והוקרבו לפני ה׳, הן ספגו קדושה שאוסרת להשתמש בהן לצרכי חול או להותירן בביזיון [רש"י, ספורנו, אבן עזרא].
לעומת גישה זו, יש התוהים כיצד הקרבה פסולה יכולה לקדש כלי. כדי ליישב זאת, מוצע כי הקדושה נבעה מכך שהאנשים הביאו את המחתות מתוך היענות לציווי מפורש של משה, מתוך כוונה להקדישן לשמיים [רמב"ן, ביאור יש"ר]. אפשרות אחרת היא שהמחתות התקדשו דווקא משום שאש אלוהית ירדה עליהן כדי להעניש את החוטאים [הכתב והקבלה]. לחלופין, ה׳ עצמו הוא שקידש אותן באופן יזום באותו רגע, וניתק אותן מהקשרן החטאו, כדי שיוכלו לשמש כציפוי למזבח וכאות אזהרה נצחי לעם [רמב"ן, אלשיך]. מנגד, פרשנות לשונית ייחודית טוענת כי המילה קָדֵשׁוּ כאן מבטאת משמעות הפוכה של חילול ופסול, בדומה למום שנופל בקורבן, ולכן המחתות הפכו לפסולות לחלוטין לכל שימוש, בין אם למזבח ובין אם לחול [העמק דבר].