לאחר שהאותות הקודמים לא הצליחו להשקיט את המחלוקת, ה' יוזם מהלך חדש ומוחלט כדי לבסס את מעמד הכהונה. הפרשנים מסבירים כי הציווי וַיְדַבֵּר יְהֹוָה אֶל מֹשֶׁה לֵּאמֹר נובע מהתגובה הקשה של העם לאירועים הקודמים. למרות האות של ריקועי הפחים שנעשו ממחתות החוטאים, העם המשיך להתלונן ולהאשים את משה ואהרן בהמתת עם ה'. בעקבות זאת, ה' מחליט לספק הוכחה חדשה, נס פריחת המטה, שתשים קץ לתלונות ותוכיח מעל לכל ספק את בחירתו בכהנים [רשב"ם, אלשיך].
כחלק ממהלך זה, אף על פי שלשבט לוי היו שלושה בתי אבות מרכזיים, נלקח עבורם מטה אחד בלבד שעליו נכתב שמו של אהרן. כדי למנוע כל פקפוק עתידי בנס, מטה אהרן הונח במכוון במרכז וסובב במטות שאר השבטים. כך נמנעה האפשרות לטעון שפריחת המטה נבעה ממיקום טוב יותר, מחשיפה לאוויר או מקרבה יתרה לארון הברית [אלשיך].