ברגע של משבר נורא, אהרן הכהן צועד אל תוך ההמון המוכה וחוצץ בגופו בין כוחות הכיליון לבין שארית העם. פעולה הירואית זו בולמת באחת את התפשטות האסון ומשנה את תפיסת העם לגבי סדרי החיים והמוות.
המילים וַיַּעֲמֹד בֵּין הַמֵּתִים וּבֵין הַחַיִּים מתפרשות בקרב רוב הפרשנים כתיאור פיזי ורוחני כאחד. הגישה המרכזית היא שאהרן הציב את עצמו כחומת מגן, והמשחית לא יכול היה לעבור את מקום הקטרת הקטורת [ספורנו, רשב"ם]. המגפה הכתה בעוצמה כה רבה, עד שעצירתה הפתאומית יצרה קו גבול ברור: בצד אחד מתו כולם, ובצד השני לא מת אפילו אדם אחד [ביאור יש"ר, אם למקרא]. יש המדייקים שאהרן עבר תחילה דרך מחנה החיים עד שהגיע אל קו ההתנגשות עם המגפה, ושם עצר אותה [מלבי"ם]. מנגד, יש המפרשים שהמתים והחיים היו מעורבים אלו באלו, ואהרן עמד ממש בתווך, מוקף בחיים ומתים מכל עבריו [העמק דבר, צאינה וראינה]. משמעות נוספת לעמידתו היא הגבלת מספר החללים, כלומר אהרן קבע את מכסת המתים וקבע גבול שלא נתן לה לגדול מעבר לכך [אור החיים]. במעשה זה הפגין אהרן מסירות נפש עילאית כשחירף את נפשו למות בעבור העם [שד"ל].
מעבר לתיאור הפיזי, מסתתר כאן מאבק רוחני דרמטי. אהרן הצדיק עצר את מלאך המוות, ובכך "החי עצר את המת" [שפתי כהן]. אהרן אחז במלאך בעל כורחו. המלאך דרש להמשיך בשליחותו בטענה שהוא שלוחו של ה', ואילו אהרן הוא רק שלוחו של משה. אהרן סירב להרפות, והכריח את המלאך לבוא עמו אל פתח אוהל מועד כדי להוכיח שמשה פועל מפי הגבורה [רש"י, צאינה וראינה]. הוויכוח נבע מכך שהמלאך התקשה להאמין שניתן להשתמש בסגולת הקטורת כדי לבטל גזירה מפורשת של ה', ולכן היה צורך להוכיח לו שזהו אכן רצון ה' [שפתי חכמים, לבוש האורה]. בתוך כך, מתעוררת מחלוקת מעניינת: בעוד שרוב הפרשנים מבינים שהמילה וַיַּעֲמֹד מתייחסת לאהרן, יש הסבורים שהיא מתייחסת למלאך המוות עצמו, שנעצר בעל כורחו ונאלץ לעמוד קפוא בין החיים למתים מבלי יכולת להמשיך להכות [גור אריה, ברכת אשר על התורה]. הקטורת עצרה את המגפה באופן זמני, עד שיוכלו משה ואהרן להתפלל ולבטל את הגזירה לחלוטין [משכיל לדוד, העמק דבר].
השימוש דווקא בקטורת כדי לבלום את המגפה נושא מסר חינוכי ואמוני עמוק. עד לאותו רגע, בני ישראל התלוננו כי הקטורת היא "סם מוות", שכן בגללה מתו נדב ואביהוא ונשרפו מאתיים וחמישים אנשי קורח. לפיכך, ה' ציווה להשתמש בה כעת כדי להוכיח לעין כל שהקטורת יכולה גם להחיות, וכי החטא הוא הממית ולא הקטורת [רש"י, צאינה וראינה]. הקטורת פועלת בהתאם להכנתו הרוחנית של האדם: כאשר היא מוקטרת בכוונת אמת וללא עבירה, היא מביאה ברכה, אך כאשר היא מעורבת בחטא, היא מביאה כיליון [דברי דוד]. יתרה מכך, המילים וַתֵּעָצַר הַמַּגֵּפָה (שלא חלה עוד שום אדם בחולי המגפה) הוכיחו דבר נוסף: עצירת המגפה על ידי הקטרת קטורת מחוץ לאוהל מועד – פעולה שאסורה בדרך כלל – הוכיחה את סמכותו המוחלטת של משה כנביא אמת, הרשאי להורות על הוראת שעה שכזו כדי להציל את ישראל, ובכך הופרכו סופית טענותיהם של קורח ועדתו [חתם סופר].