בלילה אחד הפך עץ יבש ונטול לחלוחית לענף חי ונושא פרי, ובכך הפך לאות אלוהי נצחי המאשר את בחירת ה' במשרתיו. הפסוק מציין כי המטה היה לְבֵית לֵוִי, דבר שנועד להדגיש כי מטה אהרן ייצג את השבט כולו, ואישר לא רק את כהונת אהרן האישית אלא גם את מעמדו הנבחר של שבט לוי מכלל השבטים [אבן עזרא, רש"ר הירש, מלבי"ם].
הפסוק מתאר שלושה שלבים בפריחת המטה: וַיֹּצֵא פֶרַח, וַיָּצֵץ צִיץ ו-וַיִּגְמֹל שְׁקֵדִים. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא כי ה-פֶרַח הוא הלבלוב הראשוני של האילן. ה-צִיץ הוא שלב חנטת הפרי, הניצה שמופיעה מיד לאחר שעלי הכותרת של הפרח נושרים. המילה וַיִּגְמֹל נגזרת מלשון גדילה והבשלה (כמו "ויגדל הילד ויגמל"), ומשמעותה היא שהפרי גדל עד שהוכר בבירור שמדובר בשקדים [רש"י, אבן עזרא, ביאור שטיינזלץ]. גישה בוטנית שונה מעט מציעה כי ה-צִיץ מתייחס דווקא להצמחת העלים, שכן עץ השקד ייחודי בכך שפרחיו מקדימים את צמיחת עליו [רש"ר הירש, העמק דבר].
לגבי אופן התרחשות הנס, קיימת מחלוקת מעניינת. יש המפרשים את הפסוק כרצף כרונולוגי: כאשר משה נכנס לאוהל, הוא מצא את המטה כשהוא רק במצב של לבלוב ראשוני. רק לאחר מכן, כאשר הוציא את המטה והציגו לעיני כל ישראל, התרחשו שאר השלבים בזה אחר זה – המטה הוציא ציץ ולבסוף הצמיח שקדים [רשב"ם, הכתב והקבלה].
מנגד, פרשנים אחרים טוענים כי הנס התרחש כולו בבת אחת, בניגוד מוחלט לחוקי הטבע. בטבע, הפרח נושר לפני שהפרי מבשיל, אך על מטה אהרן הופיעו הפרח, הציץ והשקדים הבשלים כולם בו-זמנית. נוכחותם המקבילה של כל שלבי הגידול נועדה להוכיח מעל לכל ספק שמדובר בנס אלוהי, ולא בענף שקד שמשה כרת והביא מבחוץ [מלבי"ם, ביאור שטיינזלץ]. יתרה מזאת, מוסבר כי המטה הצמיח שני סוגי פרחים: פרחים טבעיים שנשרו כדי לאפשר את גידול השקדים, ופרחים ניסיים שנותרו על המטה לעולם [תולדות יצחק, דעת זקנים].
הבחירה דווקא בפרי השקד מעוררת דיון נרחב. מדוע בחר ה' להצמיח שְׁקֵדִים ולא פרי אחר?
ההסבר המרכזי קושר את השקד למהירות ולמידת הדין. השקד הוא האילן הממהר ביותר להפריח מכל עצי הפרי. צמיחתו המהירה משמשת אזהרה חמורה: כל המערער על הכהונה, פורענותו ועונשו ימהרו לבוא, כפי שקרה למלך עוזיהו שניסה להקטיר קטורת ומיד פרחה צרעת במצחו [רש"י, רבנו בחיי, אור החיים]. מסיבה זו, כאשר ה' ציווה על מבחן המטות, הוא אמר רק "והיה האיש אשר אבחר בו מטהו יפרח", ולא הזכיר מראש את השקדים, שכן השקדים רומזים לפורענות ומידת הדין, והרעה אינה יוצאת ישירות מפי ה' [פני דוד].
מזווית אחרת, השקדים מסמלים תכונות חיוביות של זריזות ושקידה. הנס ניתן לאהרן כגמול ושכר על כך שרץ בזריזות אל תוך הקהל כדי לעצור את המגפה. השקדים, מלשון שקידה, משקפים את רוח ההתמסרות, הזריזות והעשייה הבלתי פוסקת של שבט לוי בעבודת המקדש [כלי יקר, רש"ר הירש].
במישור הסמלי, הפרשנים רואים בשלבי הצמיחה רמזים עמוקים למבנה הכהונה והשבט. ה-פֶרַח מסמל את הכהנים הצעירים (הנקראים "פרחי כהונה"), ה-צִיץ רומז לכהן הגדול הנושא על מצחו את ציץ הזהב, וה-שְׁקֵדִים מייצגים את הלוויים השוקדים על עבודתם [תולדות יצחק, חזקוני, כלי יקר]. לחלופין, השלבים משקפים את השתלשלות הדורות של השבט: המטה הוא לוי, הפרח הוא קהת, הציץ הוא עמרם, והשקדים הם משה ואהרן [אלשיך].
לבסוף, יש הרואים בתהליך הצמיחה ההדרגתי של המטה משל לדרך שבה ה' מעניש. העונש על חטא אינו מגיע מיד במלוא חומרתו. הוא מתחיל באזהרה קלה (פרח), ואם החוטא אינו שב בתשובה, העונש הולך ומתרחב (ציץ) עד שהוא מבשיל לכדי פורענות גמורה (שקדים) [העמק דבר].