לאחר פריחתו הפלאית של המטה, הוא עובר שינוי ממהות של חפץ רגיל לעדות נצחית. הציווי להניח את המטה בקודש פנימה נועד לבסס את ההיררכיה הרוחנית בעם ישראל ולמנוע אסונות עתידיים.
הָשֵׁב אֶת־מַטֵּה אַהֲרֹן: מאחר שנעשה במטה נס כה ייחודי, לא ניתן עוד להשתמש בו לשימושי חולין [ביאור שטיינזלץ]. לכן, לאחר שמשה הוציא את המטה והראה את הנס לכל ישראל, הוא מצטווה להשיבו פנימה אל אוהל מועד [ביאור יש"ר].
לְמִשְׁמֶרֶת לְאוֹת: המטה מונח בסמוך לארון הברית. כשם שלוחות הברית מעידים על מקורה האלוהי של התורה, כך המטה מעיד על מקורה האלוהי של הכהונה. הדבר יוצר גבול ברור המזכיר לעם כי בחירת משרתי ה' נעשית בהחלטה אלוהית ולא מתוך דרישה עממית [רש"ר הירש]. בנוסף, שימור המטה באופן קבוע מוכיח כי פריחתו הייתה נס אלוהי אמיתי ולא אחיזת עיניים או כישוף שפג לאחר מספר שעות [שפתי כהן]. לימים, מטה זה נגנז יחד עם צנצנת המן וארון הברית למשמרת לדורות [תורה תמימה].
הפרשנים חלוקים בשאלה על מה בדיוק מעיד המטה. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהמטה מהווה זיכרון לכך שה' בחר באהרן אישית לכהונה, ובכך הוא משתיק את מוקד המחלוקת של קורח [רש"י, מלבי"ם]. יש המוסיפים כי הפריחה יצאה מבין אותיות שמו של אהרן שהיו חקוקות על המטה, ובכך הוכחה בחירתו האישית [שפתי חכמים, לבוש האורה]. לעומת זאת, ישנה דעה ולפיה המטה נועד להוכיח דווקא את בחירת שבט לוי כולו כמחליפי הבכורות, ואילו בחירת אהרן לכהונה הוכחה כבר קודם לכן באמצעות נס ירידת האש [רמב"ן]. גישה משלבת קובעת כי המטה מעיד על שני הדברים יחד: שבט לוי נבחר לשרת בקודש, ואהרן הוא הנבחר המיוחד מתוך השבט הזה [גור אריה, מזרחי].
לִבְנֵי־מֶרִי: המטה נשמר כאות אזהרה לדורות הבאים, למקרה שבו אנשים ירצו למרוד שוב ולערער על הכהונה [רשב"ם, ביאור יש"ר]. מתוך ביטוי זה למד משה לקרוא לעם ישראל בשם "ממרים" [קיצור בעל הטורים].
וּתְכַל תְּלוּנֹּתָם: קיימת מחלוקת באשר למשמעות הפועל. גישה אחת מסבירה כי זהו ציווי פעיל למשה: אתה תכלה ותסיים את תלונותיהם של ישראל על ידי הנחת המטה [רשב"ם, חזקוני]. גישה שנייה גורסת כי הפועל מתאר מצב שיתרחש מעצמו: עצם קיומו של המטה כמשמרת יביא לכך שהתלונות יסתיימו מאליהן [ספורנו, שפתי חכמים]. אף על פי שהמילה תְּלוּנֹּתָם נראית כלשון רבים, הפועל נכתב בלשון יחיד, משום שמדובר בשם עצם קיבוצי המתאר סוג אחד של תלונה משותפת שכולם החזיקו בה בעניין הכהונה [רש"י, גור אריה, משכיל לדוד].
מֵעָלַי וְלֹא יָמֻתוּ: כל תלונה שמופנית כלפי משה, נחשבת למעשה כתלונה נגד ה'. על ידי הצבת הוכחה מוחשית וקבועה, ה' פועל ברחמים ומסיר את הגורם לתלונות, כדי שהעם לא ימשיך לערער על הכהונה ובכך יביא על עצמו שוב עונש מוות ומגפה [העמק דבר, ביאור יש"ר].